La médecine légale est un outil indispensable d'aide à l'enquête, nécessaire au bon fonctionnement du service public de la justice et à la manifestation de la vérité ainsi qu'une activité fondamentale en matière de prise en charge des victimes d'infractions. Son organisation était jusqu'alors disparate et fragile, dépendant le plus souvent d'initiatives locales confrontées à des difficultés de financement. Une réforme était donc devenue indispensable, afin de structurer à l'échelle nationale une médecine légale harmonisée et de qualité et d'assurer un financement pérenne. Tel a été l'objet de la circulaire du 27 décembre 2010 des ministres de la justice, de l'intérieur et de la santé qui a réformé la médecine légale à compter du 15 janvier 2011, en fixant un nouveau schéma directeur déterminant l'implantation, le dimensionnement et le financement des structures hospitalières compétentes en matière de thanatologie et de médecine légale du vivant. A l'échelon régional, des structures hospitalières appelées « centres-pivots » sont consacrées aux activités de médecine légale thanatologique (instituts médico-légaux) et du vivant (unités médico-judiciaires) et les autopsies en particulier ne peuvent être réalisées que par un praticien exerçant dans ce type de structure. A l'échelon départemental, des unités médico-judiciaires hospitalières sont compétentes pour la seule médecine légale du vivant (examens des personnes gardées à vue et des victimes), de nombreux départements faiblement peuplés n'en étant toutefois pas dotés. Enfin, notamment dans les départements qui ne sont pas dotés de structures hospitalières départementales, un « réseau de proximité » comprend des médecins libéraux, des associations de médecins ainsi que les services des urgences hospitalières. La circulaire du 27 décembre 2010 a prévu des dérogations à cette nouvelle organisation territoriale, ponctuelles d'une part, autorisées par le procureur de la République pour divers motifs (urgence, danger de la personne placée en garde à vue, contraintes opérationnelles, etc.), permanentes d'autre part, par des protocoles locaux entre les partenaires concernés, pour régler les mesures à prendre aux jours et heures non ouvrables de certaines unités médicojudiciaire ou lorsque Péloignement du service ou les délais de transport le justifient. Cette réforme de la médecine légale pouvant être porteuse de contraintes pour les policiers et les gendarmes, dont il est impératif de préserver l'efficacité opérationnelle, et de lourdeur pour l'examen des victimes, le ministre de la justice a diffusé le 5 avril 2011 une circulaire aux procureurs généraux et procureurs de la République, leur demandant de mettre en oeuvre des solutions permettant la réalisation dans les locaux des services de police et de gendarmerie des examens des personnes gardées à vue. Le ministre de la santé a diffusé aux directeurs d'établissements publics de santé et aux directeurs généraux des agences régionales de santé des instructions similaires. Malgré les orientations données à ce nouveau dispositif par la circulaire du 5 avril 2011 du ministre de la justice, une récente évaluation des inspections générales de la police et de la gendarmerie nationales a fait apparaître des difficultés auxquelles sont confrontées les forces de sécurité dans la mise en oeuvre de la réforme, ainsi que les problèmes rencontrés par les victimes. Une évaluation du dispositif a par conséquent été engagée par les ministères de la justice, de l'intérieur et de la santé. Ses conclusions, remises au mois de novembre 2011, sont actuellement examinées dans un cadre interministériel et devraient prochainement se traduire par des ajustements locaux dans les modalités de mise en oeuvre de cette réforme.