Le cormoran est protégé au titre du régime général de protection de toutes les espèces d’oiseaux visées à l’article 1er de la directive n° 79/409 relative à la conservation des oiseaux sauvages. Conformément au code de l’environnement, il est toutefois possible de déroger à l’interdiction de destruction des spécimens, dans l’intérêt des espèces de poissons sauvages et pour prévenir des dommages importants aux piscicultures. Ces dérogations, dont le cadre est fixé par un arrêté interministériel du 26 novembre 2010, peuvent ainsi être accordées par les préfets des départements dans lesquels ont été constatés des dégâts sur les piscicultures ou les eaux libres. Les préfets peuvent également octroyer des dérogations exceptionnelles de destruction portant sur les sites de nidification des grands cormorans situés à proximité des zones de frayères, de croissance ou d’alimentation de la faune piscicole, dès lors qu’il est permis d’en estimer l’importance écologique pour les poissons dont les espèces sont visées dans un arrêté du 23 avril 2008. Le saumon atlantique fait partie de ces espèces visées.

L’évaluation de l’impact des cormorans en termes de prédation et de retards ou blocages à la migration du saumon figure par ailleurs au rang des enjeux et objectifs de gestion du plan « saumon Loire-Allier pour la période 2009-2013 ». Ce plan peut également contribuer à l’identification des habitats de reproduction et de croissance du saumon et contribuer ainsi à la programmation ciblée des interventions autorisées à proximité de ces zones, comme indiqué précédemment. Les quotas départementaux, dans les limites desquelles ces dérogations à l’interdiction de destruction peuvent être octroyées, tiennent compte de l’évolution constatée de la population de cormorans. L’arrêté fixant ces quotas pour la période 2011-2012, daté du 23 août 2011, a fait l’objet d’une publication au Journal Officiel du 26 août 2011. Un quota de 300 cormorans (eaux libres) a été attribué au département de la Haute-Loire pour cette période. Le volume global de ces quotas a doublé au cours de la dernière décennie et les dérogations accordées dans ce cadre constituent ainsi un levier essentiel pour concilier la pérennité de l’espèce, la protection des intérêts économiques et celle du milieu aquatique.