Le fonctionnaire territorial en activité peut bénéficier du congé de longue durée dans le cas où il est affecté par l’une des cinq maladies (tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis) énumérées au 4° de l’article 57 de la loi du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale. Il conserve ainsi ses droits à plein traitement pendant trois ans, ils sont réduits de moitié pendant les deux années suivantes. Il ne peut donc en bénéficier s’il souffre d’une sclérose latérale amyotrophique dite maladie de Charcot. 

En revanche, dans le cas où il est atteint d’une maladie nécessitant des soins prolongés et le mettant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, le fonctionnaire territorial peut prétendre à l’octroi d’un congé de longue maladie. Un arrêté ministériel du 14 mars 1986, rendu applicable à la fonction publique territoriale par un arrêté du 30 juillet 1987, mentionne la liste des maladies y ouvrant droit et qui est déterminée après avis du comité médical supérieur. En outre, un congé de longue maladie peut également être octroyé  pour une affection non mentionnée. Dans ce cas, l’article 28 du décret n°86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d’aptitude physique pour l’admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires précise que son bénéfice peut être accordé après avis du comité médical compétent. 

Même s’il est vrai que le placement d’un agent en congé de longue maladie emporte des conséquences financières au-delà de la première année, il faut rappeler que l’agent en mesure d’exercer ses fonctions peut bénéficier du congé de longue maladie de manière fractionnée. Il peut en effet s’absenter, au besoin par demi-journée, pour recevoir des soins médicaux ; ces absences sont alors décomptées de son droit à congé de longue maladie. Enfin, il est mieux adapté aux cas de maladie dont l’évolution peut être lente et permettant à l’agent de continuer à exercer par périodes son activité professionnelle. En effet, il est d’une part accordé par périodes de trois à six mois et d’autre part, contrairement au congé de longue durée, il est renouvelable pour une maladie relevant du même groupe de pathologies, si l’intéressé a repris son emploi pendant au moins un an. 

Compte tenu de ces éléments, il n’est pas envisagé d’inscrire la maladie de Charcot dans la liste des pathologies ouvrant droit à un congé de longue durée.