Pour s’assurer que la réalisation de certaines activités ne porte pas atteinte aux objectifs de conservation des sites Natura 2000, un dispositif d’évaluation des incidences Natura 2000 a été mis en place. Celui-ci repose principalement sur un système de listes positives qui fixent les «documents de planification, programmes ou projets d’activités, de travaux, d’aménagements, d’installation, de manifestations ou d’interventions dans le milieu naturel » qui sont soumis à évaluation des incidences Natura 2000. Ces listes sont nationales et locales et répertorient, à la fois des activités faisant déjà l’objet d’un encadrement administratif (autorisation, approbation, déclaration) et des activités ne nécessitant aucune formalité administrative préalable pour leur réalisation, mais pouvant impacter les sites Natura 2000. Ce système de listes présente l’avantage pour chaque porteur de projet de savoir s’il est ou non intéressé par l’évaluation des incidences Natura 2000. Ce système est, en outre, complété par une clause dite de « sauvegarde» (article L. 414-4-IVbis du Code de l’environnement) qui permet à l’autorité administrative de soumettre à évaluation des incidences tout plan, projet ou manifestation qui bien que ne figurant sur aucune liste serait tout de même susceptible de porter atteinte aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000. En effet, le système de listes positives ne peut assurer, en toutes circonstances, qu’une activité n’apparaissant sur aucune des trois listes applicables ne sera jamais susceptible d’affecter un site Natura 2000 de manière significative. Le recours à cette disposition « filet » revêt cependant un caractère exceptionnel. Une des spécificités du dispositif d’évaluation des incidences Natura 2000 tient à son intégration aux régimes d’encadrement administratif des activités concernées. En ce sens, l’évaluation des incidences Natura 2000 est un élément constitutif du dossier de déclaration ou d’autorisation préalable à l’activité. Par ailleurs, un régime d’autorisation propre à Natura 2000 a été instauré pour les activités jusqu’alors soumises à aucun encadrement administratif. Enfin, le code de l’environnement dans son article L. 414-5, a instauré un régime de sanction administrative en cas de manquement aux dispositions relatives au régime d’évaluation des incidences Natura 2000. Cependant, les modalités de contrôle et de police propres à la politique publique concernée peuvent également trouver à s’appliquer.