En application de la loi n°2011-1117 du 19 septembre 2011 de finances rectificative pour 2011, une annulation de 460 millions d'euros de crédits sur diverses missions du budget général est arrêtée. Ces annulations viennent gager l'ouverture de même montant opérée par le collectif de juillet pour le paiement d'une condamnation dans le cadre du contentieux dit des « frégates de Taïwan ».

Elles se répartissent comme suit: l'appel en garantie de l'Etat dans l'affaire des « frégates de Taïwan» s'établit en définitive à 434 millions d'euros, 26 millions d'euros sont annulés sur le programme «Appels en garantie de l'Etat» de la mission «Engagements financiers de l'Etat », soit la différence entre 460 et 434 millions d'euros. A titre principal, 211 millions d'euros sont annulés sur la mission « Défense », à raison d'une annulation de 208 millions d'euros en autorisations d'engagement et de 158 millions d'euros en crédits de paiement sur la réserve de précaution du programme 146 « Equipement des forces ». Une annulation complémentaire de 3 millions d'euros en Autorisations d'Engagement et 53 millions d'euros en crédits de paiement sur des crédits immobiliers concerne le programme 212 « Soutien de la politique de la défense ».

Le solde des annulations, soit 223 millions d'euros, a été réparti sur 23 missions et opéré « en fonction de la capacité contributive et des perspectives d'exécution de chaque programme budgétaire ». Ces annulations ont pour l'essentiel porté sur la réserve de précaution des programmes de ces missions.

 Les programmes de la mission recherche et enseignement supérieur (MIRES) sont, au même titre que les autres, mis à contribution: la taxation des crédits sur cette mission s'élève à 47,569 millions d'euros soit 0,19 % des crédits de paiement initialement ouverts par la Loi de finance initiale (LFI).

 Les programmes 172, 187 et 193 placés sous l'autorité du ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche sont taxés à hauteur de 29 millions d'euros. La répartition de ces annulations est la suivante: 12 millions d'euros sont annulés sur le programme 172, ces crédits sont imputés intégralement sur la réserve de l'Agence nationale de la recherche (ANR). Sur le programme 187, 6 millions d'euros sont annulés, ces montants sont répartis sur les réserves de précaution des opérateurs du programme 187 hormis l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER). Au titre du programme 193, Il millions d'euros sont annulés sur la réserve de précaution du Centre national d'études spatiales (CNES), seul opérateur du programme.

Les autres programmes de la MIRES contribuent à hauteur de 18,569 millions d'euros. 7,455 M€ de crédits sont annulés sur le programme 191 « Recherche duale» du ministère de la défense. 6,172 M€ des crédits sont annulés sur le programme 192 « Recherche et enseignement supérieur en matière économique et industrielle» du ministère de l'Économie, des finances et de l'industrie. Enfin, 4,942 M€ sont annulés sur le programme 190 « Recherche dans les domaines de l'énergie, du développement et de l'aménagement durables» du ministère de l'écologie, du développement durable, des transports et du logement. Sur ce dernier programme, l'annulation a été répartie sur l'ensemble des actions au prorata des montants de crédits mise en réserve, à l'exclusion de l'action 15 « Charges nucléaires de long terme».