La restauration de la continuité écologique, c'est-à-dire la restauration de la circulation des espèces piscicoles et d'un transport sédimentaire suffisant, est un enjeu majeur pour l'atteinte du bon état des cours d'eau en 2015. Il est révélé, notamment, par les états des lieux des cours d'eau réalisés en 2004-2005. Ces derniers ont fait ressortir en effet que les barrages et endiguements, qui sectionnent et compartimentent les cours d'eau, seraient responsables d'environ 50 % des risques de non atteinte du bon état des eaux en 2015. Plus de 60 000 ouvrages barrant le lit mineur des cours d'eau sont recensés aujourd'hui. Les classements de cours d'eau en cours de révision, comme le plan de restauration de la continuité écologique mis en oeuvre par la circulaire du 25 janvier 2010, sont des outils spécifiques permettant de répondre à cet enjeu, en imposant des aménagements d'ouvrages et, dans le cas d'ouvrages abandonnés, en préconisant leur suppression. Il n'existe cependant aucun plan d'effacement généralisé d'ouvrages ou de moulins. Les financements des agences de l'eau accompagnent les interventions de restauration de la continuité écologique. Toutes les instructions données sur ces actions prescrivent une hiérarchisation des interventions, visant en priorité les cours d'eau où cette restauration est la plus nécessaire (axes à migrateurs amphihalins, programme de mesures du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux - SDAGE - identifiant les cours d'eau pour lesquels des opérations de décloisonnement sont inscrites comme indispensables à l'atteinte du bon état en 2015, etc.) et les ouvrages les plus impactants. Les mesures d'aménagement ou de suppression doivent être établies au cas par cas et de manière proportionnée, même si une vision des impacts cumulés des ouvrages et des effets des interventions à l'échelle du cours d'eau est indispensable à leur efficacité. Le plan de restauration de la continuité écologique fixe un objectif de 1 200 ouvrages "à traiter" (soit environ 2 % des ouvrages recensés) d'ici fin 2012. Les moulins sont concernés par ces interventions de restauration de la continuité écologique, au même titre que tout ouvrage transversal barrant le lit mineur d'un cours d'eau. Leur aménagement est possible et ne remet pas en cause le respect du patrimoine qu'ils peuvent, dans certains cas, représenter. La compatibilité entre restauration de la continuité écologique et respect du patrimoine hydraulique est donc possible. Néanmoins, la préservation d'un patrimoine ancien exige une certaine sélectivité eu égard au respect d'un autre patrimoine que représente la biodiversité aquatique. Des suppressions d'ouvrages permettant la restauration non seulement de la circulation des espèces mais aussi de zones d'habitats essentielles à leur reproduction ou leur croissance sont indispensables au-delà des aménagements. Or de nombreux moulins abandonnés et non exploités ont, par le cumul de leurs impacts, de forts effets négatifs sans représenter une valeur patrimoniale particulière. Une mission du Conseil général de l'environnement et du développement durable a été lancée fin 2011 pour établir un état des lieux de la mise en oeuvre du plan de restauration et de la circulaire du 25 janvier 2010. Les deux fédérations nationales des amis des moulins sont consultées dans le cadre de cette mission.