L’utilisation du fichier national automatisé des empreintes génétiques (FNAEG) est encadrée par les articles 706-54 et suivants, et R. 53-9 et suivants du code de procédure pénale, qui offrent aux personnes dont l’empreinte génétique est enregistrée des garanties rigoureuses. Figure au nombre de celles-ci la possibilité, pour le procureur de la République agissant soit d’office, soit à la demande de l’intéressé, d’ordonner l’effacement des empreintes génétiques enregistrées, « lorsque leur conservation n’apparaît plus nécessaire compte tenu de la finalité du fichier ». En cas de refus, le requérant peut saisir de sa demande le juge des libertés et de la détention dont la décision peut être contestée devant le président de la chambre de l’instruction (articles 706-54 alinéa 2, et R. 53-13-1 à R. 53-13-6). Le FNAEG est en outre placé sous le contrôle d’un magistrat du parquet hors hiérarchie, nommé pour trois ans par arrêté du garde des sceaux, et assisté par un comité composé de trois membres. Ce magistrat-référent dispose d’un accès permanent au fichier et au lieu où se trouve celui-ci, et peut notamment ordonner l’effacement d’enregistrements illicites (articles R. 53-16 et R. 53-17). Un projet de modification des dispositions réglementaires relatives au FNAEG et au service central de préservation des prélèvements biologiques (SCPPB) est actuellement en cours d’élaboration, afin notamment de prendre en compte la décision n° 2010-25 QPC du Conseil constitutionnel du 16 septembre 2010, qui impose de moduler les durées de conservation des profils génétiques enregistrés au fichier, en fonction de la gravité de l’infraction ou de la minorité de l’individu. Enfin, les dispositions législatives susvisées ne permettent pas d’effectuer un prélèvement biologique sur une personne dans le cadre d’un simple contrôle d’identité.