En l’absence de service fait, les fonctionnaires se voient appliquer une retenue sur leur traitement. Le montant de cette dernière est, en ce qui concerne la fonction publique de l’Etat et en application de l’article 4 de la loi n° 61-825 du 29 juillet 1961 de finances rectificatives pour 1961, soumis à la règle du trentième indivisible.
Le Conseil constitutionnel (CC, décision n° 87-230 DC du 28 juillet 1987) comme le Conseil d’Etat ont confirmé qu’à «défaut de dispositions législatives applicables aux fonctionnaires territoriaux précisant le régime de [la retenue pour participation à une grève], le montant de celle-ci doit être proportionné à la durée de la grève, en comparant cette durée aux obligations de service auxquelles les intéressés étaient soumis pendant la période au cours de laquelle l’absence de service fait a été constatée» (CE, 9 octobre 2009, n° 284278). Il y a donc bien coexistence de deux situations juridiques distinctes.
Par ailleurs, dans le cadre des transferts de compétences prévu par la loi n° 2004-809 du 13 août 2004 relative aux libertés et responsabilités locales, les fonctionnaires et les agents non titulaires de l'Etat et de ses établissements publics, affectés à des services ou parties de services mis à la disposition d'une collectivité ou d'un groupement de collectivités, ont été mis à disposition des représentants des collectivités territoriales.
L’article 109 de cette même loi dispose que «dans le délai de deux ans à compter de la date de publication des décrets en Conseil d'Etat fixant les transferts définitifs des services, les fonctionnaires de l'Etat exerçant leurs fonctions dans un service ou une partie de service transféré à une collectivité territoriale ou à un groupement de collectivités territoriales peuvent opter soit pour le statut de fonctionnaire territorial, soit pour le maintien du statut de fonctionnaire de l'Etat». Aussi, les personnels concernés par les transferts de compétence organisés par la loi du 13 août 2004 ont-ils été soit directement intégrés, soit détachés sans limitation de durée dans un cadre d’emplois de la fonction publique territoriale. Ils sont donc désormais soumis à l’ensemble des règles régissant les emplois de la fonction publique territoriale, y compris celle relative à la retenue sur traitement pour service non fait.
Néanmoins, des fonctionnaires de l’Etat peuvent encore être mis à disposition d’une collectivité. Dans ce cas, ils demeurent dans leur corps d'origine, sont réputés occuper leur emploi, continuent à percevoir la rémunération correspondante, mais exercent des fonctions hors du service où ils ont vocation à servir. Ils restent donc soumis, comme tous les autres membres de leur corps d’appartenance, aux dispositions de l’article 4 de la loi du 29 juillet 1961 précitée aux termes duquel «l’absence de service fait, pendant une fraction quelconque de la journée, donne lieu à une retenue dont le montant est égal à la fraction du traitement frappée d’indivisibilité».
La spécificité de cette situation juridique et administrative justifie la différence de traitement entre agents de la fonction publique de l’Etat et agents de la fonction publique territoriale qui exercent leurs fonctions au sein d’un même service.
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