La restauration de la continuité écologique, c’est-à-dire la restauration de la circulation des espèces piscicoles et d’un transport sédimentaire suffisant, est un enjeu majeur pour l’atteinte du bon état des cours d’eau en 2015. Il est révélé, notamment, par les états des lieux des cours d’eau réalisés en 2004-2005. Ces derniers ont fait ressortir en effet que les barrages et endiguements, qui sectionnent et compartimentent les cours d’eau, seraient responsables d’environ 50 % des risques de non atteinte du bon état des eaux en 2015. Plus de 60 000 ouvrages barrant le lit mineur des cours d’eau sont recensés aujourd’hui. Les classements de cours d’eau en cours de révision, comme le plan de restauration de la continuité écologique mis en oeuvre par la circulaire du 25janvier2010, sont des outils spécifiques permettant de répondre à cet enjeu, en imposant des aménagements d’ouvrages et, dans le cas d’ouvrages abandonnés, en préconisant leur suppression. Le plan de restauration de la continuité écologique fixe un objectif de 1 200 ouvrages à traiter (soit environ 2 % des ouvrages recensés) d’ici fin 2012. Les moulins sont concernés par ces interventions de restauration de la continuité écologique, au même titre que tout ouvrage transversal barrant le lit mineur d’un cours d’eau. Leur aménagement est possible et ne remet pas en cause le respect du patrimoine qu’ils peuvent, dans certains cas, représenter. La compatibilité entre restauration de la continuité écologique et respect du patrimoine hydraulique est donc possible. De nombreuses interventions sur les moulins sont comprises dans des programmes de restauration de cours d’eau portés à une échelle hydrographique pertinente par des syndicats de rivières. Les démarches de maîtrise d’ouvrage et d’études préalables peuvent ainsi être mutualisées et facilitées pour les propriétaires privés des ouvrages. Ces programmes, études et interventions sont en général largement financés par les agences de l’eau. Une mission du Conseil général de l’environnement et du développement durable a été lancée fin 2011 pour établir un état des lieux de la mise en oeuvre du plan de restauration et de la circulaire du 25 janvier 2010. Les deux fédérations nationales des amis des moulins sont consultées dans le cadre de cette mission. Elles ont donc l’occasion de s’exprimer sur la mise en oeuvre des interventions.