Les Etats membres de l'Union européenne se sont engagés au titre de la directive 91/676/CEE dite directive « nitrates » à établir des programmes d'actions afin de « réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles » et de « prévenir toute nouvelle pollution de ce type ». Le 20 novembre 2009, la Commission européenne a adressé aux autorités françaises une mise en demeure relative à une éventuelle mauvaise application de la directive « nitrates », mise en demeure qui a évolué le 27 octobre 2011 en avis motivé. La Commission européenne critique le contenu technique des mesures mettant en œuvre la directive nitrates en France ainsi que la façon dont ces mesures sont déclinées dans les départements.Afin de répondre à ces griefs, les Ministères chargés de l'Ecologie et de l'Agriculture ont prévu une refonte, d'une part, de l'architecture générale des programmes d'actions et, d'autre part, du contenu des mesures. Ces évolutions sont nécessaires afin de se mettre en conformité avec la directive européenne et d’éviter une condamnation.Ces projets d'évolutions réglementaires sont issus d'une longue phase de concertation technique et institutionnelle débutée en mai 2010. Ils s'attachent à une transposition stricte de la directive, sans aller au-delà des obligations qu'elle définit, de manière adaptée aux contextes agricoles et pédo-climatiques français et cohérente avec les réglementations nitrates mises en place chez les principaux partenaires européens de la France.Ainsi, les calendriers d'interdiction d'épandage sont appelés à évoluer de manière cohérente avec les interdictions pratiquées dans les Etats membres limitrophes, tout en maintenant quelques adaptations nécessaires aux spécificités agricoles, agro-industrielles et pédo-climatiques françaises strictement encadrées pour garantir un haut niveau de protection de l'environnement.Concernant les capacités de stockage, les programmes de maîtrise des pollutions d'origine agricole ont prouvé que la méthode utilisée en France était pertinente techniquement et efficace d'un point de vue environnemental car elle permet de garantir une adéquation fine entre capacités de stockage, production d'effluents par l'exploitation, surfaces disponibles pour l'épandage et calendriers d'interdiction. Cette méthode doit aujourd'hui être consolidée d'un point de vue réglementaire et adaptée pour en améliorer la lisibilité tant vis-à-vis des Autorités communautaires que vis-à-vis des exploitants agricoles eux-mêmes. Ces adaptations pourraient conduire à modifier les besoins en capacité de stockage pour certains agriculteurs. Afin de faciliter la transition, des délais d'application sont prévus. De plus, le projet de texte réglementaire prévoit que les capacités résultant d'un dossier du Programme de maîtrise de la pollution d’origine agricole, calculé avec la méthode de Diagnostic environnemental de l’exploitation d’élevage, restent valides tant que les effectifs de l'exploitation n'ont pas augmenté de plus de 10 %.