L'enseignement agricole participe pleinement aux évolutions des politiques éducatives de la Nation. Le ministère chargé de l'agriculture et le ministère chargé de l'éducation nationale, en lien avec le ministère chargé du budget, veillent à la cohérence des orientations budgétaires applicables à ces deux systèmes d'enseignement. Elles s'inscrivent notamment dans le cadre commun de la politique de maîtrise des dépenses publiques, ce qui implique une coordination de plus en plus étroite du pilotage budgétaire des programmes gérés par les deux ministères. Des progrès ont été accomplis pour mieux coordonner les règles de gouvernance de ces programmes, mais il n'a pas encore été possible, dans un contexte contraint, d'harmoniser complètement le calcul de la subvention versée aux établissements d'enseignement pour rémunérer les assistants d'éducation. Dans le cadre de l'organisation déconcentrée du ministère chargé de l'agriculture, des opérations de fongibilité au niveau régional peuvent permettre d’adapter les dotations des établissements.