Le suivi et la présentation des performances des opérateurs tels que l’Institut national de l’environnement industriel et des risques (INERIS), l’Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire (IRSN), l’Agence française de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (AFSSET), devenue l’Agence nationale de sécurité sanitaire, de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) et l’Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (ADEME) s’appuient essentiellement sur les contrats d’objectifs conclus par ces établissements publics avec l’Etat. Chacun d’entre eux est appelé à fournir annuellement à son conseil d’administration un rapport d’activité et un bilan de la mise en oeuvre de son contrat d’objectifs ; ces documents sont d’ailleurs souvent fusionnés. De plus, les résultats ainsi présentés font chaque année l’objet de plusieurs réunions de travail entre les établissements et leurs autorités de tutelle. Les indicateurs contenus dans ces contrats d’objectifs servent à alimenter les indicateurs figurant dans les projets annuels de performances associés aux programmes ministériels concernés (en l’occurrence principalement les programmes 181 et 190). Lors de la mise au point des nouveaux contrats d’objectifs, les autorités de tutelle veillent tout particulièrement à la cohérence des indicateurs inscrits dans lesdits contrats avec ceux qui ont été retenus dans le cadre des projets annuels de performance correspondants.