En ce qui concerne l'organisation des examens, le juge administratif a déjà considéré que « aucune disposition législative ou réglementaire ni aucun principe général du droit n'interdit à un recteur d'utiliser, en tant que de besoin, des locaux autres que ceux des établissements publics d'enseignement, et notamment ceux d'un établissement d'enseignement privé, pour organiser les épreuves d'un examen tel que le baccalauréat ; qu'une telle décision ne méconnaît par elle-même ni le principe de laïcité ni celui de neutralité des personnels de l'éducation nationale » (TA Bordeaux, 4 mai 2005, n° 0402516). En conséquence, les établissements scolaires privés sous contrat d'association avec l'État sont susceptibles, de la même façon que les établissements publics, d'accueillir les épreuves des examens organisés par l'éducation nationale. Leur participation à cette organisation constitue en effet l'un des aspects du service public de l'éducation. Les directeurs d'établissement, qui assument la responsabilité de l'établissement et de la vie scolaire, sont responsables de l'ordre et de la sécurité dans leur établissement. Lorsque celui-ci est centre d'examen à la demande du recteur, l'organisation matérielle des épreuves qui se déroulent dans leur établissement leur incombe. L'article 28 de la loi du 9 décembre 1905 relative à la séparation des églises et de l'État dispose « qu'il est interdit (...) d'élever ou d'apposer aucun signe ou emblème religieux sur les monuments publics ou en quelque emplacement public que ce soit, à l'exception des édifices servant au culte, des terrains de sépulture dans les cimetières, des monuments funéraires, ainsi que des musées ou expositions ». Les bâtiments des établissements privés ne sont toutefois pas des édifices publics. En vertu de l'article L. 442-1 du code de l'éducation, ces derniers ont droit au respect de leur caractère propre et sont à ce titre libres d'apposer des signes religieux dans leurs locaux. Toutefois, afin d'assurer le respect tant du principe de neutralité que du caractère propre reconnu aux établissements privés, il a été recommandé aux responsables de centres d'examens et concours de demander à ces établissements d'ôter ou de masquer tout signe religieux ostensible, pendant la durée des épreuves, dans les locaux accueillant les candidats aux examens.