Les aliments pour animaux sont soumis à une réglementation spécifique et harmonisée au niveau communautaire, qui inclut les aliments pour animaux de compagnie.

Comme tout aliment mis sur le marché, son fabricant est directement responsable de la qualité des produits qu’il commercialise et doit garantir, notamment par la surveillance de ses approvisionnements en matières premières, la sécurité de ses procédés de fabrication et des auto-contrôles réguliers qu’il est tenu de réaliser sur les produits finis, leur salubrité, et a fortiori leur innocuité pour les animaux auxquels ils sont destinés.

A ce titre, le contrôle de la présence de substances dites « indésirables », tels que les mycotoxines, les dioxines ou autres métaux lourds, contribue à la maîtrise des risques qui incombe au professionnel.

Dans son rapport sur « l’évaluation des risques liés à la présence de mycotoxines dans les chaînes alimentaires humaine et animale » de mars 2009, l’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments a procédé à une revue détaillée des connaissances disponibles et des impacts connus des mycotoxines sur l'alimentation et la santé animales.

Pour les mycotoxines telles que le déoxynivalénol, le zéaralénol, l’ochratoxine A, les toxines T-2 et HT-2 et les fumonisines, des recommandations ont été émises quant aux teneurs maximales acceptables dans les produits à destination de l’alimentation animale.

Pour les substances indésirables les plus dangereuses, notamment l’Aflatoxine B1, une valeur limite est imposée par la réglementation européenne.

A ce jour, les résultats d’analyses issues des contrôles officiels dont dispose le Ministère de l’Agriculture ne signalent pas de contamination particulière des matières premières par des mycotoxines.

Les contrôles officiels, tout comme les auto-contrôles des professionnels, se fondent sur cette réglementation et sur la fixation de ces teneurs par la Commission Européenne. Cette dernière peut être directement saisie par tout État membre ou tierce partie, personne morale ou physique, selon les éléments factuels permettant d’étayer la nécessité d’une révision de ces seuils. Ces éléments sont alors évalués par l’Autorité Européenne de Sécurité des Aliments.