Depuis 2002, dans le cadre d'une modification du décret n° 99-747 relatif à la création du grade de master, le titre d'ingénieur confère à ses titulaires le grade de master. Avec la mise en œuvre de l'arrêté du 7 août 2006, l'obtention du grade de master est la seule condition pour pouvoir se porter candidat à une première inscription en première année de thèse de doctorat. Le ministère de l'enseignement supérieur entend encourager le rapprochement entre universités et écoles d'ingénieurs dans le cadre d'écoles doctorales portées en commun. Depuis 2007, 19 nouvelles écoles d'ingénieurs ont été accréditées à délivrer le diplôme de doctorat. Les écoles d'ingénieurs, en fonction de leur statut, ont été accréditées soit à délivrer un diplôme sous leur propre sceau (co-accréditation au sein d'une école doctorale) soit à délivrer un diplôme conjointement avec une université (en tant qu'établissement associé à une école doctorale). En 2011, sur près de 300 écoles doctorales accréditées, plus de 80 comprennent au moins une école d'ingénieur associée ou co-accréditée avec l'établissement délivrant le diplôme. A cela, il faut ajouter l'ensemble de l'offre de formation doctorale qui est ouverte aux ingénieurs diplômés. On observe aujourd'hui qu'un nombre croissant d'ingénieurs, notamment ceux qui sont issus des écoles les plus exigeantes, s'engagent dans des études doctorales et voient les fortes compétences qu'ils acquièrent en matière de recherche appréciées des entreprises. Le taux de poursuite en doctorat des écoles d'ingénieurs varie de 7% à 15%, pour certains établissements comme l'École nationale supérieure des Mines de Paris ou l'École centrale de Paris. Dans quelques cas, le taux de poursuite des diplômés en thèse peut avoisiner 30%, certaines écoles d'ingénieurs disposant de plusieurs laboratoires de recherche portés en commun avec une grande université scientifique. C'est le cas, par exemple, de l'École nationale supérieure de chimie de Paris. Parmi les critères d'évaluation d'une formation d'ingénieurs établis par la Commission des Titres d'Ingénieurs (CTI), l'adossement de la formation à la recherche et à ses résultats, l'initiation à la recherche et la possibilité offerte aux élèves de poursuivre en doctorat constituent des éléments essentiels pour l'habilitation.