En application des articles 26 et 48 de la loi n° 2009-967 du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en oeuvre du Grenelle de l’environnement, dit Grenelle 1, le ministère de l’écologie, du développement durable, des transports et du logement (MEDDTL) a engagé plusieurs travaux sur l’analyse des aides fiscales et budgétaires dommageables à l’environnement. Ainsi, comme le mentionne la Cour des comptes dans son référé du 3 novembre 2011, le commissariat général au développement durable (CGDD) a mené une première étude sur les dépenses fiscales dommageables à l’environnement qui a alimenté l’évaluation des dépenses fiscales pilotées par le comité d’évaluation des dépenses fiscales et des niches sociales. Les dépenses fiscales en matière de taxe intérieure sur les produits énergétiques visées dans cette évaluation et par la Cour des comptes ne peuvent toutefois pas faire l’objet de modifications sans coordination avec le projet de révision de la directive 2003/96/CE sur la taxation des produits énergétiques. En outre, le rapport du centre d’analyse stratégique (CAS) publié en octobre 2011 établit un inventaire des subventions, dont les dépenses fiscales dommageables à la biodiversité, et fournit des pistes de réformes. Certaines ont déjà té mises en oeuvre par la loi de finances pour 2012 (loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011) et la loi de finances rectificative pour 2011 (loi n°2011-1978 du 28 décembre 2011). Ainsi, la réduction d’impôt sur le revenu en faveur des investissements locatifs, dite « dispositif Scellier », prévue à l’article 199 septvicies du code général des impôts, a été restreinte aux logements remplissant des critères environnementaux et le taux réduit de TVA dont bénéficiaient les produits antiparasitaires, en application du d) du 5° de l’article 278 bis du même code, a été supprimé. De même, le droit annuel de francisation et de navigation (DAFN) acquitté par les bateaux de plaisance, prévu à l’article 223 du code des douanes, a été diminué sur la coque des bateaux et corrélativement augmenté sur le moteur et étendu aux engins nautiques à moteur. Enfin, les redevances des agences de l’eau ont été reparamétrées dans le sens préconisé par le rapport. De plus, le rapport fournit des pistes de réforme à moyen terme, nécessitant des études plus approfondies de quantification et d’évaluation préalable sur lesquelles les services du ministère ont été invités à travailler dès à présent et qui visent toutes à donner corps au principe constitutionnel du pollueur-payeur, et, plus généralement, à réaliser un véritable basculement vers une fiscalité environnementale incitative.