Les critères de la représentativité des organisations syndicales d'exploitants agricoles sont définis par la loi d'orientation agricole n° 99-574 du 9 juillet 1999 modifiée par la loi du 1er août 2003 pour l'initiative économique. Le décret n° 90-187 du 28 février 1990 relatif à la représentation des organisations syndicales d'exploitants agricoles, modifié par le décret n° 2000-139 du 16 février 2000, a précisé ces dispositions. Pour siéger dans les commissions, comités professionnels ou organismes régionaux, un syndicat doit être habilité dans au moins la moitié des départements de la région. Au niveau national le seuil minimal requis est l'habilitation dans vingt-cinq départements.

Sur cette base, les modalités du financement des organisations syndicales d'exploitants agricoles habilitées ont été fixées par la loi de finances pour 2002. La répartition est faite au prorata du nombre de suffrages et de sièges obtenus par chaque organisation syndicale lors des dernières élections aux Chambres d'Agriculture. Le décret n° 2003-406 du 2 mai 2003 a établi une clef de répartition en fonction pour moitié des voix et pour moitié des sièges, renforçant la part relative au nombre de sièges, jusqu'alors d'un quart.

La représentation des différents collèges composant les Chambres d'Agriculture a été révisée en 1982 à la suite de la publication du décret n° 82-688 du 3 août 1982 relatif à la composition et à l'élection des Chambres d'Agriculture avec l'objectif, notamment, de renforcer la représentativité des actifs, exploitants et salariés.

Plus récemment, le décret n° 2006-1598 du 13 décembre 2006 relatif à l'élection des membres des Chambres Régionales d'Agriculture a modifié le code rural et de la pêche maritime afin, notamment, d'aligner le dispositif de représentation des chefs d'exploitation à la Chambre Régionale d'Agriculture sur celui en vigueur actuellement dans chaque département pour assurer la représentation des différentes sensibilités syndicales et la constitution d'une majorité délibérante garante de la bonne gouvernance des établissements publics.

La représentation et le financement des organisations syndicales d'exploitants dépendent de cet ensemble de dispositions qui obéissent à des nécessités de représentation équilibrée et de bonne gouvernance au sein des Chambres d'Agriculture. Pour les prochaines élections aux chambres d’agriculture, il n'est pas prévu de modifier ces modalités.