Les Etats membres de l'Union européenne se sont engagés au titre de la directive « nitrates » à établir des programmes d'actions afin de « réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles » et de « prévenir toute nouvelle pollution de ce type ». Les zones où s'appliquent ces programmes d'actions sont appelées « zones vulnérables ».

La directive fixe dans ses annexes II et III les mesures qui doivent être incluses dans les programmes d'actions. Ces règles concernent notamment le stockage des effluents d'élevage, les calendriers d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés, les conditions d'épandage des fertilisants azotés afin de respecter l'équilibre de la fertilisation, la limitation, de l'épandage des effluents d'origine animale à 170 kg d'azote par an par hectare et par exploitation, ainsi que la limitation de l'épandage à proximité des eaux de surface, sur sols en forte pente, enneigés, détrempés ou gelés.

La subsidiarité laissée à chaque Etat membre dans la mise en œuvre de la directive « nitrates » permet d'en adapter les dispositions en fonction des enjeux et des contextes propres à chaque territoire tant d'un point de vue agronomique que pédo-climatique ou encore environnemental. Ce principe de subsidiarité trouve ses limites dans la nécessaire harmonisation à l'échelle européenne des obligations imposées aux exploitants agricoles afin de prévenir les distorsions de concurrence au sein de l'Union européenne.

Le 26 février 2012, la Commission a annoncé qu'elle saisirait la Cour de Justice de l'Union européenne au sujet d’une éventuelle mauvaise application de la directive « nitrates ». La Commission européenne critique le contenu technique des mesures mettant en oeuvre la directive « nitrates » en France, ainsi que la façon dont ces mesures sont déclinées dans les départements comportant des zones vulnérables.

Afin de répondre à ces griefs, les Ministères chargés de l'Ecologie et de l'Agriculture ont prévu une refonte d'une part de l'architecture générale des programmes d'actions et du contenu des mesures. Ces évolutions sont nécessaires afin de se mettre en conformité avec la directive européenne.

Ces projets d'évolutions réglementaires sont issus d'une longue phase de concertation technique et institutionnelle débutée en mai 2010. Ils s'attachent à une transposition stricte de la directive, sans aller au-delà des obligations qu'elle définit, de manière adaptée aux contextes agricoles et pédo-climatiques français et cohérente avec les réglementations nitrates mises en place chez nos principaux partenaires européens.

Trois textes ont d'ores et déjà été publiés : le décret du 10 octobre 2011 créant un programme d'actions national et des programmes d'actions régionaux ; l'arrêté du 19 décembre 2011, relatif au programme d'actions national et l'arrêté du 20 décembre 2011, relatif à la composition des groupes régionaux d'expertise « nitrates ». A partir du 1er septembre 2012, début de la prochaine campagne, la réglementation relative aux nitrates évoluera, notamment sur les règles d’épandage.

Les périodes d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés seront étendues, en cohérence avec les interdictions pratiquées dans les Etats membres limitrophes, tout en maintenant quelques adaptations nécessaires aux spécificités agricoles, agro-industrielles et pédo-climatiques françaises.

Par ailleurs, des groupes régionaux d'expertise « nitrates » préciseront la déclinaison opérationnelle des conditions de l’équilibre entre l'apport d'azote et les besoins des cultures pour chaque parcelle. Le respect de cet équilibre est une des obligations du plan d’action.