Les États membres de l'Union européenne se sont engagés au titre de la directive « nitrates » à établir des programmes d'actions afin de « réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles » et de « prévenir toute nouvelle pollution de ce type ». Les zones où s'appliquent ces programmes d'actions sont appelées « zones vulnérables ».

La directive fixe les mesures qui doivent être incluses dans ces programmes. Elles concernent notamment le stockage des effluents d'élevage, les calendriers d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés, les conditions d'épandage des fertilisants azotés afin de respecter l'équilibre de la fertilisation, la limitation de l'épandage des effluents d'origine animale à 170 kg d'azote par an et par hectare, ainsi que la limitation de l'épandage à proximité des eaux de surface, sur sols en forte pente, enneigés, détrempés ou gelés.

La subsidiarité laissée à chaque Etat membre dans la mise en oeuvre de la directive « nitrates » permet d'en adapter les dispositions en fonction des enjeux et des contextes propres à chaque territoire, sur un plan agronomique, pédo-climatique comme environnemental.

La commission a cependant estimé que les mesures prises à ce titre par la France n’assuraient qu’imparfaitement la transposition de la directive « nitrates » et a annoncé qu’elle saisirait la cour de Justice de l’Union européenne. Pour tenir compte de ces critiques et prévenir une condamnation aux conséquences financières potentiellement lourdes, les ministères chargés de l'écologie et de l'agriculture ont donc engagé une refonte de l'architecture générale du dispositif. Celle-ci s’appuie sur une longue phase de concertation technique et institutionnelle débutée en mai 2010. Les modifications qui en ont résulté permettent de tenir compte des critiques formulées par la commission européenne et de mettre notre règlementation en cohérence sur celle de nos principaux partenaires. En conséquence, celle-ci évoluera sur les points suivants à partir du 1er septembre prochain, début de la prochaine campagne. Les périodes d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés seront étendues, en cohérence avec celles pratiquées dans les Etats membres limitrophes, tout en maintenant les adaptations nécessaires aux spécificités agricoles, agro-industrielles et pédo-climatiques françaises. Les modalités de dimensionnement et de contrôle des capacités de stockage des effluents d'élevage seront clarifiées. Elles n’impliqueront aucune modification des capacités de stockage pour les exploitations ayant bénéficié d’un des deux programmes de maîtrise des pollutions d’origine agricole (PMPOA) dès lors que les effectifs de l’exploitation n’auront pas augmenté de plus de 10%. Les normes relatives aux quantités d'azote émises par les vaches laitières seront relevées en moyenne de 20 %. Pour les élevages les plus herbagers, reconnus pour leur haute performance environnementale, un dispositif transitoire est mis en place dans l’attente d’une dérogation au plafond de 170 kg d'azote issu des effluents d'élevage pouvant être épandu par an et par hectare. Cette dérogation, prévue par la directive pour tenir compte des capacités exportatrices en azote élevées des prairies, sera demandée à la Commission européenne. En outre, des études sont en cours pour évaluer si les quantités d’azote émises par les autres espèces doivent être actualisées ou non. Par ailleurs, des groupes régionaux d'expertise « nitrates » préciseront la déclinaison pratique des conditions d’équilibre entre apport d'azote et besoins des cultures pour chaque parcelle. Le respect de cet équilibre est une des obligations de la directive. Un décret et un arrêté sur les actions renforcées qui seront mises en place par les Préfets de Région dans les zones les plus sensibles sont en cours d'élaboration. Ces textes visent à simplifier les zonages existants (notamment les zones d’actions complémentaires et les zones en excédent structurel) en mettant en place un seul type de zonage, dont la délimitation sera cohérente avec les enjeux de préservation et de restauration de la qualité des eaux (petites régions agricoles, bassins versants hydrographiques). La réglementation dans ces zones visera ainsi à fixer des obligations claires sur la bonne utilisation des engrais azotés dans les élevages et la transparence des flux d'azote, tout en garantissant qu'aucune augmentation de la pression azotée organique n'intervienne dans ces territoires. Enfin, deux arrêtés interministériels viendront, d'ici la fin de cette année, compléter le programme d'actions national s'agissant notamment de l'implantation des bandes enherbées le long des cours d'eau et des obligations de couverture des sols à l'automne. Ils préciseront également les orientations pour la définition et la mise en oeuvre des programmes d'actions régionaux. Les ministères chargés de l'agriculture et de l'environnement sont et seront particulièrement attentifs à la concertation avec tous les acteurs concernés dans le cadre des l’élaboration des ces nouvelles normes.