Le recrutement des chargés de mission du Conseil d’analyse économique (CAE) suit la même procédure que celle appliquée au sein du Centre d’analyse stratégique et des autres organismes de conseil et d’expertise qui lui sont rattachés. Une fiche de poste est diffusée sur la Banque interministérielle des emplois publics (BIEP), auprès de l'Association française de sciences économiques et auprès des grandes écoles et des Universités. Une sélection des candidatures reçues est effectuée et des entretiens permettent ensuite de procéder au choix du candidat retenu pour le poste.

Les missions exercées par chacun des organismes de prospective associés au Centre d’analyse stratégique sont complémentaires de celles du Centre, permettant de couvrir l’ensemble des thématiques associées à ses domaines de compétences, et ainsi éclairer le Gouvernement dans la définition et la mise en œuvre de ses orientations stratégiques en matière économique, sociale, environnementale ou technologique.

De plus ces organismes sont de natures très différentes : le Centre d’analyse stratégique est une administration au sens propre, les trois conseils sont des réunions de personnalités [économistes reconnus pour le CAE, partenaires sociaux et experts pour le Conseil d’orientation des retraites (COR) et le Conseil d’orientation pour l’emploi (COE)]. Leurs travaux sont donc réalisés dans des conditions très différentes : publications préparées par le personnel permanent du Centre d’analyse stratégique, rapports rendus par un ou plusieurs membres pour le CAE, avis collectifs pour le COR et le COE.

Le Centre d'analyse stratégique veille notamment, dans le respect de l'autonomie intellectuelle des centres associés, à la complémentarité de ses travaux :

- en matière économique, avec le Conseil d'analyse économique ;

- en matière de retraites, avec le Conseil d'orientation des retraites ;

- en matière d'emploi, avec le Conseil d'orientation pour l'emploi.

Dans ce but, le Centre d'analyse stratégique a développé, avec l'ensemble des organismes associés, des relations de travail extrêmement suivies. Elles sont facilitées par le fait, notamment, que chacun des responsables des centres associés participe au comité d'orientation du Centre d'analyse stratégique, qui examine le programme de travail annuel de l'institution : ces séances sont l'occasion d'enrichir le programme de travail, mais également d'éviter les doublons et de développer les synergies. Le Directeur général du Centre d'analyse stratégique est membre de droit du Conseil d'analyse économique et participe à toutes ses réunions plénières ou s'y fait représenter. Il en va de même pour les conseils d'administration et les séances de travail plénières du Conseil d'orientation des retraites et du Conseil d'orientation pour l'emploi.

Par ailleurs, le regroupement au sein de l’action « Stratégie et prospective », depuis 2007, des crédits destinés aux organismes associés, a permis de rationaliser et de mutualiser leurs moyens de fonctionnement grâce à une coopération renforcée avec le Centre. Cette mise en commun des ressources, en permettant le resserrement des fonctions support autour du Centre d’analyse stratégique et la mise en synergie des moyens (administratifs, financiers, logistiques), s’est traduite par une diminution globale des dotations en personnel et en fonctionnement.