Conformément aux engagements du Grenelle de la mer, la subvention apportée à l'institut français pour l'exploitation de la mer (IFREMER) par le programme 187 du ministère de l'écologie, du développement durable, des transports et du logement (MEDDTL), est en croissance régulière. Elle est ainsi passée de 142,052 millions d'euros en exécution 2006 à 144,862 millions d'euros en exécution 2008, 146,581 millions d'euros en exécution 2009 et 149,259 millions d'euros en exécution 2010, auxquels se sont ajoutés quelques 148 000 euros du programme 172 pour le financement des contrats de post-doctorats. Les fluctuations du montant des investissements correspondent à la réalisation des opérations d'investissements programmées avec une vision pluriannuelle. L'investissement pour la modernisation de l'Atalante, qui a constitué la plus grosse opération unitaire depuis la mise en flotte du "Pourquoi Pas?" en 2005, a été réalisé pour l'essentiel sur l'année 2009, ce qui explique la baisse en 2010 des besoins d'investissements. En ce qui concerne la flotte de navires de recherche océanographique, le financement des dépenses directes de fonctionnement et d'investissement hors frais de structure est assuré à travers l'action 7 du programme 187 et les ressources propres de l'établissement. Le montant de l'action 7 du programme est passé de 38,922 millions d'euros en exécution du budget 2006 à 41,699 millions d'euros en exécution 2008 et 42,2 millions d'euros en exécution 2010. Par ailleurs dans le cadre du plan de relance lancé en 2009, un montant de 3 millions d'euros a été accordé à l'IFREMER pour des investissements directement liés à la flotte océanographique. L'attribution de nouvelles missions à l'IFREMER se traduit par des ressources complémentaires venant de la part des demandeurs, que ce soit le ministère chargé de la pêche, le MEDDTL ou des offices, tels que l'office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA). Ainsi la demande d'appui aux politiques publiques de l'environnement, conduites principalement en application de la directive cadre sur l'eau ou la directive stratégie pour le milieu marin, se traduit par des financements dédiés. A titre d'exemple, sur le programme 113 (protection de l'eau et de la biodiversité), la montée en puissance de la mise en oeuvre de la politique pour le milieu marin, mais également des problématiques liées à l'exploration des grands fonds marins et aux algues vertes, s'est concrétisée par une augmentation de la dotation à l'établissement, qui est passée de 1 826 000 euros en 2009, à 2 370 000 euros en 2010 et 3 202 262 euros en 2011. L'évolution globale des ressources propres, avec une croissance importante de 21 % entre 2005 et 2009, traduit le dynamisme de l'établissement, et son souci de répondre aux évolutions des modes de financement de la recherche, qui voit une part croissante attribuée à la recherche sur projet, que ce soit à travers les agences nationales, comme l'agence nationale de la recherche (ANR), l'agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME), ou le programme cadre de recherche développement européen (7e PCRD). La programmation de l'activité scientifique vise à limiter autant que possible la diminution de recettes sur projets, phénomène qui reste marginal et lié à la fois aux aléas inhérents au déroulement des projets et à la volonté d'optimiser au niveau de l'établissement les priorités scientifiques et l'utilisation des ressources disponibles pour les réaliser. Enfin, il est à signaler que pour les exercices 2011 et 2012, des mesures transversales d'économie ont été demandées à tous les opérateurs mais que dans ce cadre, l'IFREMER a bénéficié d'un traitement particulier qui lui a permis de maintenir ses prévisions d'investissement, notamment pour l'entretien de son patrimoine immobilier et de la flotte.