Jusqu'à l'imposition des revenus de l'année 2005, les adhérents d'organismes agréés bénéficiaient, à l'instar des salariés, d'un abattement de 20 %, contrepartie de la fiabilisation de leurs déclarations fiscales, résultant des contrôles réalisés par ces organismes. Lorsque cet abattement a été intégré dans le barème de l'impôt sur le revenu en 2005, il a été décidé de maintenir une différence d'imposition entre les salariés et les indépendants et de conserver l'avantage relatif accordé aux adhérents d'organismes agréés. La loi a donc instauré une majoration de 25 % sur les revenus des indépendants soumis à un régime réel d'imposition, à l'exception des adhérents d'organismes agréés. Le Gouvernement a réaffirmé, à plusieurs reprises, lors de l'examen de différents projets de lois, son attachement au maintien du différentiel d'imposition qui existe entre adhérents et non-adhérents à un organisme agréé afin que le civisme fiscal des adhérents soit pris en compte. Les organismes agréés ont fait l'objet d'une enquête de la Cour des comptes qui, dans un rapport rendu public le 11 septembre 2014, concluait à la nécessité d'une « réorientation profonde du dispositif vers davantage de valeur ajoutée pour la collectivité » et préconisait de « renforcer les missions fiscales » des organismes agréés. Un groupe de travail, mis en place par le Gouvernement, a réuni pendant deux ans les quinze fédérations d'organismes agréés et le conseil supérieur de l'ordre des experts-comptables. Ce groupe de travail a notamment abouti à la mise en place de l'examen périodique de sincérité qui a été institué par l'article 37 de la loi de finances rectificative pour 2015 et qui consiste dans l'examen, une fois tous les six ans pour les entreprises assistées d'un expert-comptable et une fois tous les trois ans pour les autres, d'un petit échantillon de pièces justificatives de dépenses. L'examen périodique de sincérité a fait l'objet d'une expérimentation qui en souligne l'utilité, notamment pour inciter certaines entreprises individuelles à réintégrer des charges personnelles déduites à tort du résultat professionnel. Ainsi que le prévoit le décret no 2016-1356 du 11 octobre 2016, les nouvelles missions des organismes agréés en matière d'examen des pièces justificatives ne constituent pas un contrôle fiscal. Il s'agit seulement d'un approfondissement des missions de prévention fiscale attribuées depuis 40 ans aux organismes agréés, en contrepartie d'avantages fiscaux. L'organisme agréé, conserve un rôle d'accompagnement de ses adhérents. S'il détecte une anomalie, l'organisme agréé la signale à l'adhérent pour lui permettre de la corriger, lui apportant ainsi plus de sécurité juridique. En cas de contrôle ultérieur par l'administration fiscale, les contribuables bénéficient de l'ensemble des garanties prévues en la matière. Le dispositif vise ainsi à préserver l'équilibre entre la volonté des pouvoirs publics de conforter les organismes agréés dans leur rôle de fiabilisation des déclarations fiscales et celle de rechercher pour les professionnels des contraintes réduites au strict nécessaire, dans le respect des garanties dues aux contribuables.