Si l'entreprise est bénéficiaire, le CIR est imputé sur l'impôt sur le revenu (IR ou IS) dû par le contribuable au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses de recherche ont été exposées quelle que soit la nature de l'entreprise (PME, grande entreprise...). L'excédent du CIR ou sa totalité si l'entreprise est déficitaire constitue au profit de l'entreprise une créance sur l'Etat d'égal montant. Cette créance est utilisée pour le paiement de l'impôt sur le revenu dû au titre des trois années suivant celle au titre de laquelle elle est constatée puis, s'il y a lieu, la fraction non utilisée est remboursée à l'expiration de cette période. Toutefois, certaines entreprises et notamment les PME au sens communautaire peuvent obtenir le remboursement immédiat de cette créance dès leur dépôt de la déclaration CIR, soit au printemps N+1. La demande est formulée directement sur la déclaration jointe au relevé de solde de l'impôt sur les sociétés. Contrairement aux excédent d'IS dont la restitution doit être effectuée dans les 30 jours à compter du dépôt du relevé de solde, aucun délai n'est prévu par les textes en matière de remboursement de créances. Pour autant, cette situation ne doit pas avoir pour effet de retarder le traitement de ces demandes. Les services fiscaux procèdent donc au traitement de la demande de remboursement du crédit d'impôt (phase contentieuse) sans attendre le dépôt de la déclaration de résultats. L'administration fiscale procède par analyse-risque à partir d'une cotation basée sur des indicateurs préétablis. Selon les résultats, elle procède immédiatement au remboursement ou elle diligente un contrôle fiscal pour sécuriser la décision à prendre. Ainsi, toutes les demandes de remboursement de créance CIR ne donnent pas lieu à contrôle, seul un faible pourcentage des demandes faisant l'objet d'un examen plus approfondi. Lorsqu'elle procède à un contrôle, l'administration fiscale peut solliciter l'appui technique du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche pour apprécier la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses déclarées par l'entreprise. Cet appui technique est assuré dans la majeure partie des cas par les délégations régionales à la recherche et à la technologie (DRRT), le ministère assurant au niveau central l'appui technique relatif aux dossiers des grandes entreprises et des groupes. Les causes de l'allongement des délais d'instruction : Le déroulement des contrôles génère parfois des délais d'instruction relativement importants, tenant à la fois à la qualité du dossier justificatif fourni par l'entreprise et aux effectifs dévolus à cette mission. Une entreprise qui entend bénéficier du CIR, et surtout si elle en demande le remboursement, doit tenir à disposition de l'administration un dossier complet autant sur les aspects fiscaux que scientifiques et techniques. Concernant plus particulièrement cette partie, la rédaction de certains dossiers ne permet pas au ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche (MESR) d'effectuer son expertise. Cela l'oblige à un travail avec l'entreprise afin de l'aider à présenter un document exploitable impliquant des allers-retours et des délais. Par ailleurs, la réforme 2008 du CIR a entrainé une très forte augmentation du nombre de déclarants, passé de moins de 10.000 en 2007 à près de 18.000 entreprises en 2010, soit plus 80 % en quatre ans. Corrélativement, entre 2009 et 2011, le nombre de contrôles du CIR pour lesquels l'administration fiscale a sollicité l'appui technique du MESR a été multiplié par plus de 2,5, pour atteindre près de 1.400. Les DRRT sont par ailleurs de plus en plus fréquemment consultées pour formuler un avis sur des entreprises demandant le remboursement immédiat d'une créance de CIR. Malgré des progrès de productivité, à effectif constant, les services du MESR - particulièrement en DRRT - ont parfois de la peine à gérer, dans des délais satisfaisants, la demande de contrôles CIR. Améliorations en cours : Les recrutements nécessaires dans les délégations régionales qui connaissent la plus forte augmentation du nombre de procédures depuis 2008-2009 sont parmi les solutions en cours d'examen. Par ailleurs, les rapports de la mission d'évaluation et de contrôle (MEC) et de l'inspection générale des finances sur le crédit d'impôt recherche préconisent de renforcer l'intégration des équipes en charge du contrôle du CIR (services fiscaux, DRRT et direction générale pour la recherche et l'innovation du MESR) pour en accroître encore l'efficacité. Ces préconisations font l'objet de travaux interministériels avec par exemple la désignation de « référents CIR » au sein de certaines directions régionales du contrôle fiscal, en charge des échanges avec la DRRT et de l'appui technique aux services fiscaux territoriaux. Une autre modalité, en cours d'étude, serait la mise à disposition par les services fiscaux de contrôleurs ou d'inspecteurs des impôts dans les DRRT les plus sollicitées - notamment l'Île-de-France, Midi-Pyrénées, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Rhône-Alpes. L'ensemble de ces solutions d'organisation est de nature à réduire les délais actuels des contrôles, tout en améliorant la relation avec les entreprises. Par ailleurs, une des mesures du pacte pour la croissance, la compétitivité et l'emploi concerne le préfinancement du CIR. Cette solution devrait permettre aux entreprises qui le souhaiteront de bénéficier de l'avantage financier du CIR avant le dépôt de la déclaration CIR. Les entreprises dont les besoins de trésorerie sont urgents ne seraient plus soumises aux contraintes liées au système déclaratif en vigueur.