Les prestations d'indemnités journalières doivent être payées à l'assuré dans les quinze jours qui suivent l'envoi de l'avis d'interruption de travail, conformément aux termes de l'article R. 362-1 du code de la sécurité sociale. Cette mesure est favorable à l'assuré lorsque l'arrêt intervient dans la première moitié du mois, car elle lui permet de percevoir ses indemnités journalières (IJ) sans attendre la fin du mois. Elle permet en outre aux assurés arrêtés pour des périodes longues de percevoir leurs indemnités deux fois par mois, ce qui représente une amélioration de leur trésorerie par rapport à un versement mensuel : le salarié n'a pas à attendre la fin du mois pour bénéficier d'une partie de son revenu. Cette règle de paiement par quinzaine peut néanmoins poser des difficultés de trésorerie, uniquement pour le premier versement, lorsque l'arrêt de travail intervient en deuxième partie de mois. S'agissant du taux de remplacement par les IJ, s'il est effectivement de 50 % du salaire brut, il convient de rappeler que l'article L. 1226-1 du code du travail, issu de la loi n° 78-49 du 19 janvier 1978 relative à la mensualisation et à la procédure conventionnelle oblige les employeurs à verser un complément de salaire portant le revenu de remplacement en cas de maladie à 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s'il avait travaillé. Ce complément est versé à la date usuelle de paye du salaire, en même temps que la rémunération afférente aux jours où le salarié a travaillé dans le mois. Au-delà de cette obligation de complément, beaucoup d'employeurs pratiquent la subrogation avec la caisse, c'est-à-dire qu'ils maintiennent le salaire et reçoivent en contrepartie le remboursement direct des indemnités journalières par l'assurance maladie. Le maintien de salaire limite les problèmes de trésorerie. Selon le rapport de la Cour des comptes de juillet 2012 sur les arrêts de travail et les IJ maladie, la subrogation concernait un tiers du total des IJ versées en 2010.