Le ministère de la défense n'identifie pas le levier d'efficacité associé à la recommandation de la Cour des comptes de rattacher la division des enquêtes et des coûts directement au délégué général pour l'armement (DGA). Cette recommandation semble s'inscrire principalement dans une logique de pratiques généralement observées pour des services d'audits internes. Or, si le service responsable des enquêtes de coûts au sein du ministère de la défense met en oeuvre des méthodes d'audits, son but premier n'est pas de réaliser des audits internes mais de soutenir les négociations importantes du ministère, notamment dans les secteurs monopolistiques, conformément aux dispositions du code des marchés publics. En outre, l'autorité d'un service d'enquête repose avant tout sur les dispositions législatives et réglementaires en vigueur qui rendent possible l'exercice de son activité et sur les éventuelles sanctions associées. Par ailleurs, la Cour des comptes souligne l'intérêt de renforcer les liens entre les acheteurs et les enquêteurs. Si le ministère de la défense souscrit totalement à cette vision, il reste néanmoins réservé sur le fait que la proposition de rattacher la division des enquêtes et des coûts directement au DGA soit de nature à renforcer ces liens. Pour autant, la place des enquêtes de coûts, qui constituent l'un des leviers de l'action contractuelle du ministère, est pleinement reconnue. Une directive du ministre en date du 14 février 2014 a ainsi défini le contexte général et le concept de recours à ces enquêtes dans le domaine de l'armement. Cette directive rappelle également la politique de « tolérance zéro », systématiquement adoptée par le ministère dans le cadre des enquêtes de coûts, en matière de transparence de la part des industriels de l'armement.