Deux structures sont principalement en charge de la programmation des appels à projets dans le domaine des Sciences du vivant : l'agence nationale de la recherche (ANR) et l'alliance Aviesan, chacune à leur niveau. Les relations entre l'ANR et l'alliance sont régies par un accord de collaboration ANR-AVIESAN signé en 2010. L'agence s'appuie sur les directeurs des Instituts thématiques multiorganismes de l'Alliance, qui siègent au sein de ses comités sectoriels, pour bâtir sa programmation annuelle et pluriannuelle. La loi relative à l'enseignement supérieur et à la recherche prévoit la mise en place d'une stratégie nationale de recherche. Elaborée et révisée périodiquement sous la coordination du ministre chargé de la recherche, elle visera à répondre aux défis économiques et sociétaux dans la même logique que la stratégie européenne Horizon 2020. Elle s'appuiera sur une concertation avec la communauté scientifique, le monde socio-economique, les autres ministères concernés et les collectivités territoriales. Elle sera validée par le conseil stratégique de la recherche. Les instruments de mise en oeuvre de la stratégie nationale de recherche seront principalement les contrats pluriannuels que l'État conclut avec les établissements d'enseignement supérieur (article L.711-1 du code de l'éducation) et avec les établissements publics de recherche (article L.311-2 du code de la recherche), ainsi que la programmation de l'ANR. L'évaluation de la mise en oeuvre de cette stratégie impliquera notamment l'office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques (OPECST).