Un certain nombre de mesures visant à rendre attractif le crédit d'impôt et sécuriser le dispositif ont été adoptées. Ainsi, l'article 71 de la loi no 2012-1509 du 29 décembre 2012 de finances pour 2013 a élargi, au bénéfice des seules PME, le crédit d'impôt recherche (CIR) aux dépenses d'innovation. Cette même loi de finances a aménagé la procédure de rescrit relative au CIR en permettant aux entreprises de présenter, 6 mois avant la date limite de dépôt de la déclaration, une demande portant sur l'éligibilité au crédit d'impôt de leur projet de recherche alors même que les travaux de recherche ont déjà commencé. En outre, le décret no 2013-116 du 5 février 2013 relatif aux modalités de contrôle de la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR, est venu clarifier les modalités d'intervention des agents du ministère de la recherche dans le cadre des contrôles et notamment dans la conduite du débat oral et contradictoire. L'administration a par ailleurs apporté des précisions doctrinales en matière de cotisations sociales obligatoires éligibles au crédit d'impôt au BOI-BIC-RICI-10-10-20-20-20150401, pour en préciser le contenu. Enfin, lors de la conférence de presse du 1er avril 2015 sur l'amélioration des relations entre l'administration fiscale et les entreprises, le ministre des finances et des comptes publics et le secrétaire d'Etat au budget ont annoncé, parmi quatre nouvelles mesures, la création d'un comité consultatif crédit d'impôt recherche : il s'agit de disposer d'une instance de conciliation intervenant avant la fin d'un contrôle fiscal, sur les désaccords portant sur la réalité de l'affectation à la recherche ou à l'innovation des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt recherche (y compris crédit impôt innovation) notifiés dans le cadre d'une procédure contradictoire. Il pourra être saisi par l'administration comme par les contribuables.