Le cormoran est protégé au titre du régime général de protection de toutes les espèces d'oiseaux visées à l'article 1er de la directive 79/409 relative à la conservation des oiseaux sauvages. Conformément au code de l'environnement il est toutefois possible de déroger à l'interdiction de destruction des spécimens, notamment pour prévenir des dommages importants aux piscicultures. Ces dérogations peuvent en effet être accordées par les préfets des départements dans lesquels ont été constatés des dégâts sur les piscicultures ou les eaux libres, dans le respect des conditions générales énoncées par un arrêté ministériel du 26 novembre 2010. Les quotas départementaux dans les limites desquelles celles-ci peuvent être octroyées tiennent compte de l'évolution constatée de la population de cormorans. Un arrêté ministériel du 20 août 2015 a fixé ces quotas départementaux à hauteur de 50 053 spécimens pour la période 2014-2015. Le volume de ces quotas a doublé au cours de la dernière décennie, et les dérogations accordées dans ce cadre constituent un levier essentiel pour concilier la pérennité de l'espèce, la protection des intérêts économiques et celle du milieu aquatique. Pour limiter la sédentarisation des cormorans à proximité des piscicultures, des possibilités facilitées d'intervention sur les sites de reproduction ont par ailleurs été aménagées, en complément des tirs autorisés pour l'élimination des adultes. Dans les zones où la contribution de la pisciculture extensive à l'entretien des milieux est reconnue, un allongement de la période de tir pour l'élimination des cormorans adultes est autorisé, afin de limiter l'installation des nicheurs. Enfin la possibilité d'autoriser par arrêté motivé des opérations de destruction de nids et d'œufs de cormorans à proximité des piscicultures est également aménagée, après consultation locale des partenaires concernés.