Dans son rapport public thématique de mai 2013 intitulé « Gérer les enseignant autrement », la Cour des comptes recommande d'affecter les professeurs agrégés, compte tenu de la spécificité de leurs compétences, en lycée général et technologique et non au collège, de même qu'elle préconise d'affecter les professeurs de lycée professionnel en lycée professionnel et non au collège, à l'exception des disciplines professionnelles de l'enseignement adapté. Les professeurs agrégés de l'enseignement du second degré ont vocation, en vertu de l'article 4 du décret n° 72-580 du 4 juillet 1972 relatif à leur statut particulier, à exercer des fonctions d'enseignement dans les classes préparatoires aux grandes écoles, dans les lycées, dans des établissements d'enseignement supérieur, ainsi qu'exceptionnellement en collège. Néanmoins, afin de s'assurer de l'utilisation optimale de leurs fortes compétences disciplinaires, le ministère privilégie l'affectation des agrégés dans les lycées, en CPGE ou en STS. C'est ainsi l'orientation donnée par la note de service n° 2011-190 du 25 octobre 2011 consacrée à la mobilité des personnels enseignants du second degré qui dispose que « les recteurs et le vice-recteur veilleront à ne procéder à de nouvelles affectations d'agrégés en collège qu'à titre très exceptionnel. Pour cela, ils définiront des bonifications significatives pour affecter les professeurs agrégés en lycée dans le cadre du mouvement intra-académique ». Cette recommandation, notamment le dispositif de bonification dans le cadre du mouvement, a été reconduite pour la rentrée scolaire 2013 par la note de service n° 2012-171 du 30 octobre 2012. En juin 2013, 36 000 professeurs agrégés sont affectés en lycée sur les 46.000 en activité affectés dans l'enseignement du second degré (y compris dans les classes préparatoires aux grandes écoles et dans les sections de technicien supérieur). L'affectation en collège de professeurs agrégés résulte généralement d'une demande de l'intéressé pour des raisons géographiques. Pour ce qui concerne les professeurs de lycée professionnel dont l'effectif s'élève à 54 236 agents, le décret n° 92-1189 du 6 novembre 1992 relatif à leur statut particulier les destine à assurer un service d'enseignement dans la voie professionnelle, que ce soit en lycée professionnel (34 487 professeurs) ou en section de technicien supérieur. L'affectation de professeurs de lycée professionnel en collège (2 695 professeurs) est quasi exclusivement limitée à leur intervention dans le champ de l'enseignement adapté du second degré, principalement en section d'enseignement général et professionnel adapté (769 professeurs affectés en EREA), les compétences disciplinaires des professeurs de lycée professionnel étant en adéquation avec celles attendues dans ce secteur.