Initialement, la demande de protection de la dénomination « Gruyère » portait sur une appellation d'origine. Conformément au code rural et de la pêche maritime, après avis favorable du comité national des appellations laitières, agroalimentaires et forestières de l'institut national de l'origine et de la qualité (INAO), un décret de reconnaissance de l'AOC « Gruyère » a été publié le 30 mars 2007 au Journal officiel de la République française (JORF) en vue d'une reconnaissance en AOP par l'Union européenne. Or après instruction de la demande, la Commission européenne a indiqué aux autorités françaises que celle-ci répondait davantage aux exigences d'une indication géographique protégée (IGP) plutôt que d'une AOP. Une nouvelle demande de protection de la dénomination en IGP a en conséquence fait l'objet d'une proposition au comité national de l'INAO en date du 7 juillet 2010. En vue de la transmission de la demande d'enregistrement en IGP auprès de la Commission européenne, un arrêté d'homologation de la dénomination « Gruyère » a été publié au JORF le 10 octobre 2010. Conformément à la procédure de l'Union européenne, les services de la Commission ont instruit la demande d'enregistrement puis l'ont publiée au Journal officiel de l'Union européenne (JOUE) pour opposition communautaire. La protection du terme au titre de l'IGP a finalement abouti par la publication du règlement d'enregistrement de l'IGP le 7 février 2013 au JOUE. La dénomination « Gruyère » ayant été enregistrée au niveau communautaire en IGP, le décret de reconnaissance de l'AOC a été abrogé.