En fonction de la nature et du volume de leur activité, certaines exploitations agricoles sont soumises à la réglementation des installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE) et font, à l'issue d'une instruction du dossier ICPE, l'objet d'une décision administrative sous la forme d'arrêtés préfectoraux d'autorisation, d'enregistrement ou d'un récépissé de déclaration. Les procédures et les délais des différentes étapes d'instruction des dossiers ICPE (régime de l'autorisation, régime de l'enregistrement, régime de la déclaration) comme les délais de recours sont encadrées par le code de l'environnement. Pour le régime ICPE de l'autorisation, la durée de l'ensemble de l'instruction prend en moyenne 10 à 12 mois entre la date de dépôt du dossier jugé complet et la date de signature de l'arrêté. S'agissant plus particulièrement des élevages, les délais d'instruction des demandes d'autorisation ont été strictement encadrés par l'article 29 de la loi n° 2010-874 du 27 juillet 2010 de modernisation de l'agriculture et de la pêche, codifié à L 512-2-1 du code de l'environnement. Pour le régime de l'enregistrement, l'instruction, simplifiée, permet de réduire les délais à 5 mois. L'ouverture du régime de l'enregistrement aux élevages (effectif depuis 2011 pour les élevages laitiers et en cours pour les élevages porcins) permettra ainsi de réduire les délais d'instruction pour les dossiers ne présentant pas de difficulté particulière. Les décisions de l'autorité administrative en installations classées peuvent faire l'objet de recours de pleine juridiction (ou plein contentieux). Le juge administratif peut annuler ou valider un acte administratif mais également le modifier voire lui en substituer un nouveau. Il statue alors en fonction du droit en vigueur à la date de sa propre décision. Le recours peut être déposé par l'exploitant dans un délai de deux mois à compter de la notification de l'arrêté préfectoral ou de la décision. Les tiers, personnes physiques ou morales, les communes intéressées ou leurs groupements, en raison des inconvénients ou des dangers que l'installation présente au regard des intérêts protégés par la loi, peuvent également déposer un recours dans un délai d'un an à compter de la publication ou de l'affichage de la décision, délai qui peut être prolongé de 6 mois après la mise en service de l'installation. Le Gouvernement étudie différentes mesures de simplification des instructions ICPE en expérimentant la mise en place d'un permis environnemental unique et d'un certificat de projet dans le contexte des États généraux de la modernisation du droit de l'environnement. La réduction du délai de recours des tiers est prise en compte dans cette expérimentation.