Afin d'améliorer durablement la qualité des eaux en matière de pollution par les nitrates et de contribuer à la réalisation des objectifs de qualité des masses d'eau fixés par la directive cadre sur l'eau, les quatrièmes programmes d'actions nitrates avaient en 2009 prévu, pour l'ensemble des zones vulnérables, le maintien des bandes végétalisées le long des cours d'eau et l'obligation de couverture des sols pendant la période de risque maximal de lessivage. La couverture des sols, par des cultures d'hiver, des cultures intermédiaires piège à nitrates (CIPAN), des cultures dérobées, des repousses de colza ou des cannes de maïs grain, sorgho ou tournesol broyées et enfouies a été progressivement généralisée, l'objectif de couverture imposé aux agriculteurs augmentant au fil des années pour atteindre 100 % des surfaces en zones vulnérables en 2012. Les récentes évolutions réglementaires relatives à l'application de la directive « nitrates », dans le cadre d'une procédure contentieuse engagée par la Commission européenne contre la France auprès de la Cour de Justice de l'Union européenne pour mauvaise application de la directive, incluent la reconduction de cette mesure de couverture végétale destinée à absorber l'azote du sol dont l'intérêt a été confirmé par l'expertise scientifique collective achevée par l'institut national de la recherche agronomique en juin 2012. Cette étude montre ainsi que l'implantation d'une CIPAN à la fin de l'été et à l'automne présente, lorsqu'elle est réalisée dans de bonnes conditions, des bénéfices agronomiques, environnementaux et économiques. Si le premier objectif d'une CIPAN est d'absorber les nitrates présents dans le sol pour éviter leur entraînement vers les eaux, la CIPAN peut également aider à lutter contre les phénomènes d'érosion, améliorer l'état structural du sol, ou encore limiter les coûts de fertilisation en restituant l'azote qu'elle stocke à la culture suivante. Bien choisi, le couvert intermédiaire est aussi susceptible de contribuer au contrôle des adventices et à la lutte contre certains ravageurs ou maladies. Une culture intermédiaire peut également être valorisée en production fourragère ou en culture énergétique. Concernant plus spécifiquement le rôle de « piège à nitrates » des CIPAN, cette étude montre que les CIPAN sont efficaces pour réduire la teneur en nitrates de l'eau de drainage aussi bien en interculture courte qu'en interculture longue, sauf dans le cas d'interculture longue à récolte tardive. L'étude comprend également des résultats sur la durée d'implantation optimale, les sols argileux, ou encore sur la couverture par les repousses de colza et de céréales, qui ont été pris en compte dans les réflexions pour l'élaboration de l'arrêté du 23 octobre 2013 modifiant l'arrêté du 19 décembre 2011 relatif au programme d'actions nitrates. Ainsi, la rédaction de cette mesure a profondément évolué dans le nouveau programme d'actions. Là où le quatrième programme d'actions introduisait un pourcentage minimal de couverture des sols à l'automne, le nouveau programme d'actions retient une nouvelle approche, plus respectueuse des spécificités pédo-climatiques des territoires et des conditions agronomiques de production. Il impose la couverture des sols en interculture longue, et en interculture courte derrière colza, mais des souplesses nationales et régionales sont ouvertes pour le type de couvert (CIPAN, repousses, gestion des résidus...) et les situations particulières (récolte tardive, sols argileux, faux semis...). Le programme d'actions national autorise ainsi la couverture des sols par les repousses de céréales sur 20 % de la surface en interculture longue de l'exploitation, ce qui constitue une ouverture par rapport aux quatrièmes programmes d'actions. Il ouvre aussi des possibilités d'adaptations régionales, qui devront être déclinées dans les programmes d'actions régionaux, et par lesquelles les obligations sont allégées dans un certain nombre de situations particulières (récolte tardive, sols argileux, pratique du faux semis, contexte climatique particulier de la zone méditerranéenne sur laquelle un déplafonnement du taux de repousses est possible dès lors qu'elles sont denses et homogènes spatialement). En conclusion, la mesure relative à la couverture des sols pour limiter les fuites d'azote au cours des périodes pluvieuses, simple à contrôler et très efficace pour diminuer les fuites de nitrates vers les eaux, qui a un coût très modéré pour l'exploitant, a toute sa place dans le programme d'actions nitrates, en particulier depuis la nouvelle adaptation de cette mesure qui tient davantage compte que par le passé des conditions agronomiques et pédo-climatiques. En effet, la directive nitrates, si elle ne cite pas explicitement cette mesure, impose aux États membres d'inclure dans leurs programmes d'actions toutes les mesures supplémentaires ou actions renforcées nécessaires pour atteindre les objectifs de réduction de la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole, et de choisir ces mesures en tenant compte de leur efficacité et de leur coût.