Il existe depuis 2002 un régime d'encadrement de la pêche des espèces d'eau profonde adopté par l'Union européenne. Ce régime d'encadrement de cette activité a mis en place des quotas de pêche, des limitations de l'effort de pêche, un renforcement des contrôles et un effort de collecte de données pour améliorer la connaissance des stocks halieutiques concernés. Cet encadrement a porté ses fruits s'agissant de la santé des stocks halieutiques. Les stocks de poissons de l'Atlantique nord-est sont évalués, selon un processus strict et rigoureux, par le Conseil international pour l'exploitation de la mer (CIEM), qui est l'organisme scientifique indépendant et compétent pour l'Atlantique nord-est. Il regroupe plus de 4 000 scientifiques provenant d'environ 300 instituts, avec environ 1 600 scientifiques participant annuellement aux travaux. Parmi plus d'une centaine de stocks évalués régulièrement, cet organisme dispose d'une compétence reconnue sur les espèces en eaux profondes. Les derniers avis du CIEM sur ces espèces datent de juin 2012 et ceux-ci sont encourageants, notamment pour le sabre noir (proposition du CIEM d'augmenter les captures de + 114 %), la lingue bleue (+ 107 %) et le grenadier de roche (+ 77 %) qui sont les trois principales espèces exploitées par les pêcheries françaises. Ces trois espèces représentent 70 % du poids total des espèces commercialisées par les chalutiers à espèces profondes. Le taux de rejets moyens de ces navires est de 19 à 20 %. Les rejets sont principalement composés de grande argentine et de mulet noir (plus de 40 % du total des rejets). Le programme français d'observations scientifiques à la mer couvre ces activités de pêche et permet de suivre de manière précise la composition spécifique des rejets. Ainsi, on note que le mulet noir et la grande argentine représentent respectivement 5 et 4 % des captures. Ces informations sont accessibles de manière détaillée dans les rapports des observations scientifiques à bord des navires de pêche professionnelle dans le cadre du programme OBSMER d'échantillonnage en mer piloté par IFREMER en lien avec le Comité national des pêches. Le bilan des années 2011 et 2012 est disponible publiquement sur internet. L'élimination progressive des rejets, qui concerne toutes les pêcheries, est un axe central de la nouvelle politique commune de la pêche. Afin d'améliorer encore la gestion des pêcheries des stocks d'eau profonde, un renforcement de l'encadrement règlementaire est en cours de discussion, sur la base d'une proposition présentée par la Commission européenne en juillet 2012. Cette proposition comprend de nombreuses dispositions visant à renforcer l'encadrement de ces pêcheries, dont l'interdiction du chalut et des filets maillants profonds, et à améliorer la connaissance des stocks d'eau profonde. Le Parlement européen, qui est co-législateur avec le Conseil sur ce texte, a effectué un examen très approfondi de la proposition de la Commission européenne et a procédé à de nombreuses auditions. Par l'adoption du rapport de sa Commission pour la pêche le 4 novembre 2013, à l'unanimité moins 4 abstentions, puis par son vote en séance plénière le 10 décembre 2013, le Parlement européen a confirmé le principe de nombreuses propositions de la Commission, affirmant ainsi le besoin de renforcer la protection des écosystèmes marins vulnérables et d'augmenter les connaissances scientifiques. Mais il n'a pas souhaité retenir l'interdiction a priori du chalut profond et du filet maillant profond. Il a souhaité qu'une évaluation du règlement qui serait adopté soit effectuée 4 ans après son entrée en vigueur, sur la base de laquelle une nouvelle proposition pourrait si nécessaire être effectuée en intégrant des dispositions sur les engins. Le vote au Parlement européen est une étape importante. Les discussions vont désormais se dérouler au sein du Conseil des ministres de l'UE. Le ministre délégué chargé des transports, de la mer et de la pêche y participera activement et défendra une approche équilibrée et ambitieuse permettant de mieux connaitre et de mieux encadrer la pêche des stocks d'eau profonde.