Le recouvrement du produit des taxes affectées à des agences est confié soit à l'administration fiscale, soit directement à l'affectataire de la taxe. La collecte de certaines taxes par les agences n'est pas nécessairement optimale, les coûts de collecte et de recouvrement des agences pouvant être dans certains cas supérieurs à ceux de l'administration fiscale. Elle est parfois d'autant moins efficiente que le rendement de la taxe concernée est faible. A cela peuvent s'ajouter des difficultés de pilotage pour l'administration de tutelle qui, faute de disposer des informations liées à la collecte, doit se fonder sur les prévisions de recettes de l'affectataire sans possibilité de contre-expertise. La question du transfert à l'administration fiscale de la collecte des taxes affectées doit donc être posée. Confier la collecte des taxes affectées aux administrations de l'Etat requiert toutefois d'analyser au cas par cas l'efficience de la collecte par l'agence. La comparaison des coûts de gestion et de recouvrement de l'affectataire avec ceux de l'administration fiscale est un exercice complexe, dans lequel rentrent en ligne de compte une multiplicité de paramètres. Comme le soulignait le rapport du conseil des prélèvements obligatoires, les frais de gestion ainsi que les frais d'assiette et de recouvrement moyens de la direction générale des finances publiques (DGFiP) ne sont pas, en tant que tels, comparables aux coûts affichés par les agences. Il est notamment nécessaire, pour chacune des taxes, d'examiner les missions de recouvrement réellement effectuées par l'affectataire afin de s'assurer que les coûts étudiés soient effectivement comparables. La gestion des contentieux incombe, par exemple, rarement aux agences. Il faut également prendre en compte la pertinence de la collecte par le bénéficiaire ; dans certains cas, les contribuables d'une taxe affectée à une agence sont également ses usagers et le recouvrement permet à cette dernière d'accroître son niveau d'information et d'améliorer son fonctionnement. La rationalisation de la collecte des taxes affectées est donc à l'étude, parallèlement à l'examen, annoncé par le Gouvernement, des taxes affectées qui ont vocation à être supprimées ou rebudgétisées et à l'extension du plafonnement aux autres dispositifs.