Les activités humaines (étalement urbain, développement des grandes infrastructures linéaires entraînant la fragmentation des habitats, pollutions diverses, surexploitation des ressources) et l'introduction d'espèces envahissantes sont citées comme les causes majeures de la perte de biodiversité à l'échelle mondiale. Partant de ce constat et pour tenter d'enrayer la perte de la biodiversité à l'échelle européenne, l'Union européenne s'est notamment dotée du réseau Natura 2000. Des sites Natura 2000, définis sur la base de critères scientifiques évaluant la rareté ou la fragilité des espèces sauvages et des habitats, ont été identifiés par la France afin de lui permettre de remplir ses obligations européennes en termes de réduction de la perte de biodiversité et de contribution à la constitution du réseau Natura 2000, en fonction de la représentation, sur son territoire, des habitats naturels et des espèces d'intérêt communautaire protégés au niveau européen. Compte tenu de son exceptionnelle diversité biologique, la France y porte une responsabilité particulière. Le réseau français des sites Natura 2000 comprend à ce jour 1 758 sites, dont 1 366 sites identifiés au titre de la directive « habitats, faune, flore » et 392 sites au titre de la directive « oiseaux » (soit environ 12,5 % du territoire terrestre métropolitain, et plus de 4,1 millions d'hectares d'espaces marins). Certains sites, relevant de la directive « habitats, faune, flore », restent encore à désigner en droit national. Conformément à l'article 17 de la directive « habitats, faune, flore », la France est tenue de réaliser, tous les six ans, un rapport d'évaluation de l'état de conservation des habitats et espèces d'intérêt communautaire ; une obligation similaire existe au titre de l'article 12 de la directive « oiseaux ». Ces rapportages permettent d'appréhender les effets des mesures de gestion déployées sur les différentes espèces et habitats, en vue d'atteindre leur bon état de conservation. À ce stade, les derniers rapports ont été réalisés en 2013 et sont en cours d'analyse au niveau européen. Le rapport transmis à ce jour au titre de la directive « habitats, faune, flore » permet de consolider le diagnostic établi lors des précédentes analyses : il met en évidence une amélioration de l'état des connaissances et la consolidation des avis d'experts. Par ailleurs, le recul temporel est pour le moment insuffisant pour estimer l'évolution de l'état de conservation d'un grand nombre d'espèces et d'habitats dont la majeure partie reste dans un état défavorable (particulièrement en ce qui concerne les espèces inféodées aux milieux agricoles et humides qui subissent les conséquences de l'artificialisation des milieux). Les améliorations observées sont majoritairement dues à des changements de méthode d'évaluation ou à des données plus précises. Toutefois, une minorité d'espèces ou d'habitats semblent voir leur statut amélioré entre 2007 et 2013. Les prochains cycles de rapportage permettront de mieux analyser les éventuels effets de ces zonages Natura 2000 sur la restauration de l'état de conservation des habitats et espèces dégradés. En ce qui concerne la stratégie de création d'aires protégées (SCAP), celle-ci a été conçue comme une contribution à la lutte contre la perte de la biodiversité et la dégradation du patrimoine géologique. Elle a été inscrite dans le droit par l'article 23 de la loi du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en oeuvre du Grenelle de l'environnement, dite Grenelle I. La SCAP a ensuite été confirmée par la feuille de route pour la transition écologique de septembre 2012 (chantier 8 du thème « faire de la France un pays exemplaire en matière de reconquête de la biodiversité »). Cette stratégie repose sur la volonté d'améliorer la cohérence, la représentativité et l'efficacité du réseau métropolitain des aires protégées terrestres, en identifiant ses lacunes et en faisant émerger, sur cette base, des priorités. Deux grands principes guident l'action : d'une part, la volonté d'améliorer la pertinence du réseau d'aires protégées (dont les zones Natura 2000 font partie) et d'autre part le souhait de développer la concertation. Un travail scientifique important a été réalisé sous la direction du Muséum national d'histoire naturelle (MNHN). Il a mobilisé les services déconcentrés de l'État et de nombreux experts : Fédération des conservatoires botaniques nationaux, Office national de l'eau et des milieux aquatiques, Office pour les insectes et leur environnement, gestionnaires d'espaces protégés, etc. Par ailleurs, l'ensemble des acteurs locaux et nationaux concernés par la création d'aires protégées a été associé à cette politique, lors des instances consacrées à la mise en oeuvre de la SCAP. Force est donc de constater que les espèces et les habitats des espaces concernés ont été jugés prioritaires par un travail scientifique et ont fait l'objet de concertation. La réalisation d'un bilan des créations d'aires protégées réalisées dans le cadre de la SCAP devrait être confiée prochainement au MNHN.