Le réseau français des sites Natura 2000 comprend à ce jour 1 758 sites, dont 1 366 sites désignés au titre de la directive « habitats, faune, flore » et 392 sites au titre de la directive « oiseaux » (soit environ 12,5 % du territoire terrestre métropolitain, et plus de 4,1 millions d'hectares d'espaces marins). Ces sites ont tous fait l'objet d'une notification à la Commission européenne, conformément aux articles R. 414-4 et R. 414-5 du code de l'environnement. La France a donc pris auprès de l'Union européenne des engagements de protection de l'état de conservation de ces sites, qui ont tous une existence juridique au niveau européen. Au regard du droit national, une partie des sites « habitats, faune, flore » n'a toutefois pas encore fait l'objet d'un arrêté ministériel de désignation. A la demande de la Commission européenne, la France a donc engagé un processus de désignation de ces sites d'intérêt communautaire en droit national, afin de se mettre en conformité avec les obligations européennes dans les meilleurs délais. Ce processus de désignation n'entraîne aucune nouvelle conséquence pour les sites concernés, il consiste en un effort d'alignement du droit national sur le droit européen. S'agissant de la cohérence du réseau français des sites Natura 2000, la Commission européenne a eu l'opportunité de se prononcer lors des séminaires biogéographiques de 2009 et 2010. Après avoir estimé que le réseau était satisfaisant au niveau terrestre, elle a indiqué qu'il l'était également s'agissant des eaux territoriales françaises. Elle a néanmoins indiqué que des efforts de désignation devaient encore être réalisés en mer au large, pour les récifs, les oiseaux et les mammifères marins. Pour cette raison, des programmes d'acquisitions de données scientifiques complémentaires ont été lancés en 2009, et sont actuellement en cours de finalisation. Ils permettront, à terme, de proposer la désignation de nouveaux sites Natura 2000 au large.