La réforme de l'identification et de la traçabilité des moutons et des chèvres a été initiée en 2005 à l'échelle européenne par le règlement (CE) n° 21/2004 (règlement CE/21/2004 du conseil du 17 décembre 2003 établissant un système d'identification et d'enregistrement des animaux des espèces ovine et caprine et modifiant le règlement (CE) n° 1782/2003 et les directives 92/102/CEE et 64/432/CEE) et ne relève donc pas d'une réglementation spécifique à la France. La réforme vise une traçabilité individuelle des petits ruminants afin notamment de prévenir et de circonscrire rapidement l'extension des maladies animales, de préserver ainsi la santé des animaux et des consommateurs, enfin de limiter les pertes économiques directes et indirectes. Elle s'est imposée suite à la crise sanitaire de la fièvre aphteuse de 2001 au Royaume-Uni qui a coûté une quinzaine de milliards d'euros au contribuable européen, et dont un des facteurs aggravant était l'absence de traçabilité individuelle des petits ruminants démontrant que les systèmes d'identification antérieurs n'étaient pas efficients. Concernant le dossier relatif à l'affaire de la viande de cheval, il est important de souligner que la traçabilité a permis de remonter la filière de commercialisation des viandes et d'identifier les opérateurs la constituant. La réforme a eu lieu en plusieurs étapes afin de prendre en compte les délais prévus par le règlement (CE) n° 21/2004. Le dispositif réglementaire mis en place en France dans le cadre des négociations avec les organisations professionnelles permet de bénéficier des dérogations accordées par le règlement communautaire tout en assurant un bon niveau de traçabilité au sein de la filière et dans l'optique de minimiser le plus possible les risques liés à la conditionnalité. Toutefois, il convient de noter qu'ils ne peuvent avoir de dérogation aux obligations du règlement (CE) n° 21/2004. Le soutien financier apporté de 2010 à 2013 a permis d'atteindre un taux d'identification électronique de 86 % sur l'ensemble du territoire. Étant donné l'arrêt des financements, l'obligation d'identification électronique de tous les animaux nés avant le 1er juillet 2010 a été reportée au 1er janvier 2015. Selon une évaluation réalisée par les services du ministère en charge de l'agriculture avec l'appui de l'institut de l'élevage, ce report doit permettre du seul fait du taux de renouvellement naturel des troupeaux d'atteindre fin 2014 une identification proche de 100 % du cheptel reproducteur. En ce qui concerne la question des petits détenteurs, il convient de noter qu'ils ne peuvent avoir de dérogation aux obligations selon le règlement (CE) n° 21/2004 du Conseil. En effet, ils constituent un foyer potentiel en cas de crise sanitaire. S'ils ne respectent pas la réglementation en matière de traçabilité, ces éleveurs devront être sanctionnés en application de l'article R 215-12 du code rural et de la pêche maritime. A tous les niveaux de la filière, les exigences réglementaires relatives à la tracabilité doivent être appliquées. Les abattoirs ont une obligation réglementaire de traçabilité en tant qu'opérateur commercial, ils doivent tenir à jour leur registre avec la liste des numéros d'identification des animaux âgés de plus de 12 mois (non dérogataires) et des numéros de cheptel des animaux âgés de moins de 12 mois (dérogataires). Ils notifient en base de données la liste des animaux abattus, cependant il n'y a pas d'obligation de moyen, mais de résultat. Les petits abattoirs peuvent faire le choix de ne pas être équipés de lecteur pour répondre aux exigences réglementaires.