La vaccination par le vaccin anti-papillomavirus est indiquée pour la prévention des lésions pré-cancéreuses et du cancer du col de l'utérus, deuxième cancer chez la femme jeune avec 2 800 nouveaux cas par an. Ce cancer est responsable de 1 000 décès de femmes par an en France. L'infection à papillomavirus humains (HPV), très fréquente, est l'une des trois principales infections sexuellement transmissibles. La stratégie de prévention globale du cancer du col de l'utérus s'appuie sur le dépistage par frottis cervico-utérin et sur la vaccination, conformément aux avis rendus par le haut conseil de la santé publique et la haute Autorité de santé. Deux vaccins prévenant l'apparition de lésions précancéreuses du col de l'utérus ont été autorisés au niveau européen et sont disponibles en France. Dès leur mise sur le marché français en 2006 pour le premier vaccin disponible puis en 2008 pour le deuxième, l'agence nationale chargée de la sécurité des médicaments (ANSM) a mis en place un plan national de gestion des risques qui comporte un suivi des effets indésirables, un suivi du registre national des grossesses et une étude visant à évaluer le risque éventuel de maladies auto-immunes. A ce jour, les mesures de suivi mises en place en Europe et en France ne montrent pas d'association significative entre cette vaccination et le risque de survenue de maladies auto-immunes avec un recul de plus de sept ans. Les éléments disponibles ne permettent pas de remettre en cause l'intérêt apporté par la vaccination anti-papillomavirus qui, en association avec le dépistage par frottis des lésions cervicales, contribue à lutter contre le cancer du col de l'utérus. L'Académie de médecine s'est encore prononcée très clairement sur ce point en décembre 2013. Enfin, le haut conseil de la santé publique a produit un rapport sur cette vaccination en juillet 2014, dans lequel il réitère ses recommandations pour la mise en place de modalités d'administration de la vaccination permettant d'atteindre un pourcentage élevé de jeunes filles.