La réforme de l'identification et de la traçabilité des moutons et des chèvres a été initiée en 2005 à l'échelle européenne par le règlement (CE) n° 21/2004 (règlement CE/21/2004 du conseil du 17 décembre 2003 établissant un système d'identification et d'enregistrement des animaux des espèces ovine et caprine et modifiant le règlement (CE) n° 1782/2003 et les directives 92/102/CEE et 64/432/CEE) et ne relève donc pas d'une réglementation spécifique à la France. La réforme vise une traçabilité individuelle des petits ruminants afin, notamment, de prévenir et de circonscrire rapidement l'extension des maladies animales, de préserver ainsi la santé des animaux et des consommateurs, enfin de limiter les pertes économiques directes et indirectes. Elle s'est imposée suite à la crise sanitaire de la fièvre aphteuse de 2001 au Royaume-Uni qui a coûté une quinzaine de milliards d'euros au contribuable européen, et dont un des facteurs aggravants était l'absence de traçabilité individuelle des petits ruminants démontrant que les systèmes d'identification antérieurs n'étaient pas efficients. La traçabilité individuelle repose notamment sur l'identification électronique du cheptel européen. En ce qui concerne la question des petits détenteurs, il convient de noter qu'ils ne peuvent bénéficier de dérogation aux obligations du règlement (CE) n° 21/2004 du Conseil. En effet, ils constituent des foyers potentiels en cas de crise sanitaire. Toutefois, un soutien financier d'un montant d'environ 23 millions d'euros a été apporté de 2010 à 2013 et a permis d'atteindre un taux d'identification électronique de 86 % sur l'ensemble du territoire. Étant donné l'arrêt des financements, l'obligation d'identification électronique de tous les animaux nés avant le 1er juillet 2010 a été reportée au 1er janvier 2015. Selon une évaluation réalisée par les services du ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, avec l'appui de l'institut de l'élevage, ce report doit permettre du seul fait du taux de renouvellement naturel des troupeaux d'atteindre fin 2014 une identification proche de 100 % du cheptel reproducteur. Suite à une étude de la fédération nationale ovine, un groupe de travail a été mis en place fin 2013 avec cette fédération, l'assemblée permanente des chambres d'agriculture et l'institut de l'élevage afin de réduire le coût des repères. Ce coût a déjà baissé de près de 20 % depuis la mise en oeuvre du dispositif. Des propositions concrètes devraient intervenir d'ici la fin de l'année 2014.