Les recommandations de la Cour des comptes concernant les comptes et la gestion du groupement d'intérêt économique Dragages-Ports pour les exercices 2005 à 2012 portent notamment sur le dispositif de prise en charge par l'État des frais d'entretien liés à l'accès maritime des ports, prévu à l'article R. 5313-69 du code des transports. La Cour appelle à une actualisation et à une explicitation de la méthode de répartition de la dotation versée par l'État, en trouvant les moyens d'une incitation à la mutualisation et aux gains de productivité. Sur la période récente, des gains de productivité ont déjà été réalisés et ont permis de maîtriser, et même faire diminuer, les coûts de dragages. Certes, les coûts ont augmenté d'environ 25 % en euros courant sur la période 1999-2011 (1,8 % par an). Cependant, une fois corrigés de l'index TP 06 qui sert de référence pour ce genre d'activités, les coûts de dragages apparaissent en baisse d'environ 25 % sur la même période. Ceci mérite d'autant plus d'être mis en valeur que les activités de dragages sont soumises à des réglementations environnementales qui se traduisent de plus en plus souvent par une augmentation des coûts afférents (en particulier au travers de l'éloignement des sites de clapage). La clé actuellement utilisée pour répartir entre les grands ports maritimes la dotation pour l'entretien des ouvrages et des accès maritimes a été définie en 2005 et mise en oeuvre en 2006, sur la base des dépenses réelles des ports constatées à l'époque. Elle est restée globalement constante depuis. Un diagnostic fin des coûts réels d'entretien des accès et d'exploitation des ouvrages, basé notamment sur les informations recueillies annuellement par le GIE Dragages-Ports, est achevé et fournit aujourd'hui un nouveau point de référence pour actualiser cette clé de répartition. Dans le cadre de cette démarche, et dans l'esprit des recommandations de la Cour, il est prévu de modifier la clé de répartition de la dotation intégrant les éléments de diagnostic. Cette nouvelle clé repose sur des modalités de calcul plus transparentes. Elle est établie sur la base des coûts réels et devrait prendre en compte les contraintes particulières des ports d'estuaire. Par ailleurs, un dispositif révisé périodiquement permettra d'inciter à la mutualisation accrue des engins de dragage et à des gains de productivité.