La Cour des comptes a souligné les insuffisances du suivi des contrats de projets État-régions (CPER) 2007-2014. Permettant un meilleur pilotage des contrats, l'amélioration du suivi de l'exécution des CPER est une priorité pour le Gouvernement. A cette fin, l'exercice sera désormais cadré en précisant les exigences nécessaires au suivi national des CPER. Pour être efficace, ce cadrage doit être partagé avec les régions. Il doit privilégier un nombre limité d'indicateurs de suivi et veiller à ce qu'ils soient correctement renseignés. Le pilotage du contrat est placé sous la responsabilité du préfet de région. Celui-ci, garant du respect du cadre national, est également chargé de l'organisation du suivi par les différents partenaires, de la définition précise du niveau du suivi financier de chaque contrat, et de la mobilisation de ces derniers pour améliorer la transmission des données financières. L'outil informatique « Synergie », déjà utilisé pour le suivi des programmes européens, a été étendu aux CPER et permettra de consolider l'ensemble des informations au niveau régional et au niveau national. Parallèlement, en lien avec le Conseil régional, les services de l'État local sont chargés d'organiser le suivi de l'avancement physique des opérations inscrites dans les contrats de plan, en fonction des types de projets concernés. Ce suivi sera synthétisé chaque année dans un bilan d'exécution qui devra être obligatoirement transmis au Gouvernement.