Les effectifs des élèves peuvent être connus de manière fiable depuis 2002/2003, année de la mise en place du système d'information MAGE à l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger (AEFE). Entre l'année 2002/2003 et l'année 2012/2013, le nombre d'élèves français au Japon bénéficiaires d'une bourse scolaire AEFE est passé de 53 à 196 (pour un montant de 271 691 euros en 2002/2003 à 1 520 882 euros en 2013/2014). Cette augmentation du nombre de boursiers est régulière : 56 en 2003/2004, 73 en 2004/2005, 88 en 2005/2006 et 2006/2007, 115 en 2007/2008, 132 en 2008/2009, 150 en 2009/2010, 166 en 2010/2011, 156 en 2011/2012 et 180 en 2012/2013. Cette évolution est à mettre en regard de l'augmentation du nombre d'enfants français scolarisés dans les établissements AEFE du Japon. Le pourcentage d'élèves français ayant disposé d'une bourse au Japon est ainsi passé de 8,7 % en 2002/2003 à 24,5 % en 2013/2014, avec l'évolution suivante : 8,7 % en 2003/2004, 10,6 % en 2004/2005, 11,5 % en 2005/2006, 10,5 % en 2006/2007, 13 % en 2007/2008, 14,5 % en 2008/2009, 17,7 % en 2009/2010, 19 % en 2010/2011, 23,1 % en 2011/2012, 25,8 % en 2012/2013. Le pourcentage d'élèves français boursiers au Japon est supérieur au pourcentage enregistré en moyenne mondiale. Il convient également de noter que sur cette même période, le nombre de Français immatriculés au Consulat a augmenté, ainsi que les effectifs des élèves. Les frais de scolarité ont aussi évolué en vue de la construction d'un nouvel établissement il y a quelques années.