L'article L. 421-5 du code de l'éducation, dans sa rédaction issue de l'article 38 de la loi n° 2005-380 du 23 avril 2005 d'orientation et de programme pour l'avenir de l'école, a institué un conseil pédagogique dans chaque EPLE. Toutefois en l'absence de dispositions règlementaires d'application, le positionnement de cette instance au sein de l'EPLE demeurait incertain. Le décret d'application n° 2010-99 du 27 janvier 2010, codifié aux articles R.421-41-1 à R.421-41-6 du code de l'éducation, est venu en préciser sa composition, ses compétences et son fonctionnement en lui donnant une base pérenne, dans le respect de l'autonomie des établissements et en s'attachant à préserver l'esprit d'ouverture souhaité par le législateur. Le conseil pédagogique a ainsi pu prendre pleinement sa place au sein des EPLE. Il est en effet le seul lieu permettant de mener une réflexion collégiale et approfondie autour des thèmes pédagogiques. Une enquête menée en 2010-2011 a montré que 66 % des EPLE ont organisé trois réunions ou plus du conseil pédagogique. S'agissant spécifiquement du projet d'établissement, le conseil pédagogique est étroitement associé à son élaboration. L'article R.421-41-3 prévoit en effet que sa partie pédagogique est préparée par le conseil pédagogique « en liaison avec les équipes pédagogiques (...) en vue de son adoption par le conseil d'administration ». Il peut également « être saisi, pour avis, de toute question d'ordre pédagogique par le chef d'établissement, le conseil d'administration et la commission permanente, » notamment sur les questions relatives à « l'organisation du temps scolaire » visées à l'article R421-2 du code de l'éducation relatif à l'autonomie pédagogique et éducative des EPLE. En outre le point 3 de l'article R. 421-41-3 prévoit que le conseil pédagogique « prépare (...) les propositions d'expérimentation pédagogique sur les domaines définis par l'article L.401-1 du code de l'éducation » (mise en oeuvre des objectifs et des programmes nationaux, voies et moyens mis en oeuvre pour assurer la réussite de tous les élèves et pour associer les parents à cette fin, modalités d'évaluation des résultats atteints). Il peut ainsi contribuer à promouvoir les innovations pédagogiques au sein de l'établissement. Il a enfin un rôle de coordination afin d'harmoniser les pratiques puisqu'il est notamment « consulté sur la coordination des enseignements (...) ». Les préconisations du rapport du Conseil économique social et environnemental (CESE) contribueront à alimenter la réflexion menée en vue de la future loi sur la refondation de l'école.