Texte de la question

M. Jean-Christophe Fromantin interroge Mme la ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche sur les conséquences de la mise à jour le 4 avril 2014 de la doctrine administrative relative aux dépenses de recherche et développement sous-traitées en matière de crédit impôt recherche. Celle-ci précise désormais sans ambiguïté que « les plafonds prévus aux d bis et d ter du II de l'article 244 quater B du CGI doivent être respectés, ce qui signifie que le montant des dépenses qui excède ces plafonds, qui ne peut pas être pris en compte dans l'assiette du crédit d'impôt recherche de l'entreprise qui confie la réalisation d'opérations de recherche à l'organisme de recherche privé agréé, ne peut davantage être inclus dans la base de calcul du CIR propre de ce dernier ». Par ailleurs, ce texte impose aux entreprises agréées de déduire pour le calcul de leur propre CIR les sommes que leurs donneurs d'ordre renoncent à prendre en compte soit qu'ils renoncent volontairement au bénéfice du CIR au titre de l'année considérée soit qu'ils y renoncent pour la seule fraction des dépenses de recherche qu'ils ont externalisées. Ces dispositions combinées ont conduit de nombreux prestataires agréés, qui voyaient leur CIR fondre voire même disparaître de manière brutale, à demander au ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche le retrait de leur agrément au titre du CIR 2014. Le service du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche en charge du CIR a donné suite à ces demandes et a publié le 21 octobre 2014 une liste relative à ces retraits d'agrément qui prennent effet en cours d'année ou même dans certains cas rétroactivement au 1er janvier de l'année 2014. Cette situation a pris au dépourvu de nombreuses entreprises donneuses d'ordre qui déclarent du CIR et ont obtenu de leurs prestataires la copie des attestations d'agrément pluriannuel délivrées par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Elles se trouvent ainsi privées rétroactivement de la possibilité de déclarer leurs dépenses de sous-traitance de recherche et développement alors même qu'elles les ont budgétées. Cette mise à jour de l'instruction fiscale en cours d'année pose de nombreuses interrogations qui créent une insécurité juridique majeure et des conséquences financières considérables pour les entreprises, qu'elles soient prestataires ou donneuses d'ordre et quelle que soit leur taille. En effet, même si la doctrine relative au plafond de dépenses de recherche et développement sous-traitées nécessitait d'être clarifiée du fait de l'imprécision du texte, il est surprenant de modifier une doctrine fiscale en cours d'année, et ce, de manière rétroactive puisque le texte semble être interprétatif. À cet égard, certains pourraient y voir une mise en cause du dispositif du CIR pour des raisons budgétaires car les dépenses concernées n'ouvrent désormais droit à aucun crédit d'impôt ni pour le preneur de la prestation ni pour le prestataire. Il en est de même de l'impossibilité faite au prestataire de bénéficier du CIR alors même que le donneur d'ordre décide de ne pas en déclarer. Dans ces deux cas, un système d'attestation aurait suffi à permettre à l'administration de s'assurer que les dépenses en cause n'ouvrent pas droit deux fois au CIR. De plus, le dispositif du CIR est régi par le principe de l'annualité. La délivrance des agréments par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche suit ce principe car ceux-ci sont accordés pour plusieurs années civiles. En cas de contrôle, les entreprises doivent produire la copie de l'agrément de leurs prestataires car il leur appartient de vérifier le statut de ces derniers. À cet égard, le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche considère lui-même que le la liste des prestataires agréés est insuffisante pour établir la preuve de l'agrément. Le parallélisme des formes supposerait qu'il en soit de même en cas de désagrément, une liste des retraits d'agrément ne saurait suffire à prouver cette situation alors même que le donneur d'ordre n'aura souvent pas eu connaissance de la décision de retrait et encore moins la copie de cette décision. Il semble tout à fait nécessaire de mettre un terme rapide et cohérent à la situation générée par les retraits d'agrément en cours d'année qui a créé un imbroglio financier et commercial qui empoisonne les relations entre les entreprises et fait peser des risques financiers majeurs, notamment pour les PME.