L'article 105 de la loi de finances pour 2012 puis la circulaire du 24 février 2012 ont instauré une journée de carence dans la fonction publique à compter du 1er janvier 2012. A partir de cette date, le premier jour de congé maladie ordinaire (hors maladie professionnelle) n'est plus rémunéré dans la fonction publique. L'article 126 de la loi de finances pour 2014 abroge ce délai de carence et prévoit deux mesures complémentaires : d'une part, l'octroi des congés de maladie des fonctionnaires se trouve encadré par des délais de transmission des arrêts de travail prescrits à peine de réduction de la rémunération et, d'autre part, l'expérimentation de la délégation du contrôle des arrêts de maladie par les caisses primaires d'assurance maladie est prolongée jusqu'au 31 décembre 2018 (loi no 2015-1785 du 29 décembre 2015 de finances pour 2016). Il n'existe pas à proprement parler de bilan comparatif entre public et privé concernant la journée de carence et son impact. Toutefois, certains éléments sont désormais disponibles : Pour la fonction publique de l'Etat (FPE), il a été possible d'assurer le suivi de la mise en place du jour de carence à partir des fichiers mensuels de paye des agents de l'Etat (75 % des effectifs de la FPE concernés) dès le mois de mars 2012. L'exploitation de ces données a montré qu'au total, en 2012, de l'ordre de 500 000 agents ont fait l'objet d'une retenue pour journée de carence, soit 22 % des agents, pour un total de 755 000 journées de carence comptabilisées. Les retenues sur salaires correspondantes s'élèvent à 60,8 millions euros. Dans deux tiers des cas, un seul jour de carence a été retenu au cours de l'année. Dans les deux autres versants de la fonction publique et sur les 25 % restants de l'emploi dans la FPE, aucune donnée n'a pu être valablement consolidée, sur l'impact du jour de carence, faute de remontée significative des données par les employeurs. Les chiffres disponibles sont les suivants : Nombre moyen de jours d'absence pour raison de santé dans les trois versants de la fonction publique. Par ailleurs, la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques (DRESS) a publié un numéro spécial de la collection « dossiers solidarité-santé » sur l'effet du délai de carence sur le recours aux arrêts maladie des salariés du secteur privé (n° 58 de janvier 2015). Cette étude indique que « les salariés couverts durant le délai de carence n'ont pas de probabilité plus élevée d'avoir un arrêt dans l'année, mais ont des durées totales d'arrêt maladie significativement plus courtes ». La DGAFP a également publié une étude à partir de l'enquête "condition de travail" dans l'édition 2015 du rapport annuel sur l'état de la fonction publique, sur le lien entre les absences pour raisons de santé et les conditions de travail dans la fonction publique et le secteur privé. Cette étude montre qu'environ un agent sur trois de la fonction publique (32 % dans la FPE, 35 % dans la FPT et 33 % dans la FPH) ont au moins un arrêt maladie dans l'année contre 28 % dans le secteur privé. Dans le public comme dans le privé, 70 % d'entre eux n'ont qu'un seul arrêt. Ces arrêts sont généralement moins longs dans le public et globalement les agents ayant été arrêtés sont soumis à des conditions de travail plus difficiles que les autres. La thématique de l'absentéisme pour raison de santé dans la fonction publique fait l'objet actuellement de réflexions qui pourraient déboucher sur de nouvelles mesures applicables dès 2017.