Les régions sont autorités de gestion du fonds européen agricole pour le développement rural pour les aides à la modernisation des exploitations agricoles. A ce titre, elles inscrivent dans les plans de développement rural régionaux les orientations souhaitées quant à leur politique de modernisation des exploitations au niveau régional. Pour notifier les aides aux entreprises à la Commission européenne, deux vecteurs sont envisageables. La première possibilité est d'inscrire cette mesure spécifique dans les plans de développement rural (PDR) de chaque région. La seconde possibilité est de l'adosser à un régime d'aide d'État exempté ou notifié. La gestion de certaines pollutions induites par les effluents agricoles, notamment les nitrates, est une problématique soutenue dans les PDR des régions Bretagne et Pays de Loire. Cependant ces PDR ne prennent actuellement pas en compte la gestion des pollutions pour le phosphore d'origine agricole. Le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, conscient que la résorption du phosphore est un enjeu très important, travaille actuellement avec les régions, les agences de l'eau concernées et les directions régionales de de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt pour identifier le support de notification le plus adapté pour les aides relatives à ce sujet.