A ce jour, aucun critère microbiologique n'est fixé dans la réglementation européenne pour les Esherichia Coli producteurs de shigatoxines (STEC) dans les denrées alimentaires d'origine animale. En effet, les mesures de maîtrise préventives destinées à réduire la contamination fécale le plus en amont possible de la chaîne alimentaire étaient considérées comme suffisantes pour contribuer à la réduction des risques pour la santé publique. En l'absence de critère réglementaire, la Commission européenne a présenté, début 2014, un projet de document d'orientation relatif à l'application de l'article 14 du règlement (CE) n° 178/2002 au regard des aliments dans lesquels des STEC ont été détectés. Ce document vise à définir le caractère dangereux d'une denrée alimentaire contaminée par STEC et à harmoniser les modalités de gestion portant sur ces denrées dans les différents États membres. Basé sur l'avis de l'autorité européenne de sécurité des aliments (AESA) publié en avril 2013, il définit une méthode identifiant le niveau de risque qui s'appuie sur le type d'aliment concerné, les habitudes de consommation et le niveau de sensibilisation des consommateurs. Il établit une répartition entre deux niveaux de profil d'aliments, à risque élevé ou faible, les produits au lait cru étant classés comme présentant un risque élevé. Si, d'un point de vue théorique, l'approche proposée par la Commission européenne est en adéquation avec l'objectif prioritaire d'assurer un haut niveau de protection de la santé publique, conformément aux dispositions générales du paquet hygiène, elle risque en effet néanmoins d'avoir des conséquences très lourdes pour la filière « lait cru », en imposant des mesures de gestion sans vérification préalable du caractère effectivement pathogène des souches de STEC éventuellement détectées. Les autorités françaises ont alerté la Commission européenne à différentes reprises au cours de l'année 2014 sur les difficultés pressenties si les lignes directrices étaient adoptées en l'état. La France a fait part de son expérience, et les difficultés liées à la gestion de certains produits, notamment les fromages au lait cru, contaminés par des STEC potentiellement hautement pathogènes ont été présentées. Suite à ces échanges, la Commission européenne a décidé de transmettre un questionnaire aux différents États membres pour recueillir leur avis. Ainsi, l'adoption de ces lignes directrices, initialement pressentie pour décembre 2014, a été reportée en 2015. Dans la réponse à ce questionnaire, les autorités françaises ont réaffirmé leur attachement à une approche permettant de garantir la protection du consommateur, associée à des mesures de gestion efficaces et proportionnées, compatibles avec les contraintes techniques et économiques des opérateurs, notamment du secteur laitier. Dans le prolongement des échanges réguliers avec les représentants professionnels de la filière lait, le ministère chargé de l'agriculture a mis en place un groupe de travail « STEC » spécifique aux produits laitiers, auquel les organisations professionnelles sont associées, ainsi que les scientifiques. La première réunion, qui s'est tenue le 27 janvier 2015, a permis de faire le point sur les données scientifiques disponibles ou nécessaires afin de pouvoir mieux étayer l'argumentation possible sur ce sujet lors des futures négociations au niveau européen. Plusieurs programmes de recherche sont en cours, destinés à mieux connaître la circulation des STEC dans les élevages, leur survie et leur croissance selon les technologies fromagères, et à définir les mesures de maîtrise les plus efficaces aux différents stades.