L'aéroport de Dôle appartient au Conseil départemental du Jura depuis 2007 et l'État a délégué son rôle d'autorité concédante concernant l'aéroport de Dijon à un syndicat mixte local, constitué par la région Bourgogne et la communauté urbaine du grand Dijon, suite à l'arrêt des activités aéronautiques de la base de l'armée de l'air en 2014. Ces deux plateformes ne revêtent en effet pas un intérêt national. Il incombe principalement aux collectivités et syndicat mixte responsables de ces deux aéroports, au vu de leur contribution au service public et de leurs besoins de financement, d'élaborer la stratégie relative à la conservation et au développement de leur activité aéronautique et d'organiser leur gestion. La recommandation formulée par la Cour des comptes à l'intention des collectivités et organismes publics concernés a d'ores et déjà fait l'objet d'un début de mise en oeuvre puisque, comme le souligne la Cour elle-même, les collectivités qui finançaient l'activité commerciale de Dijon-Longvic ont décidé de mettre fin à leur participation financière au premier semestre 2014. Les vols réguliers de transport commercial ont cessé en juin 2014 et le syndicat mixte entend consacrer l'aérodrome de Dijon aux vols sanitaires et à l'aviation légère et d'affaires. Le Gouvernement préconise l'approfondissement du dialogue entre les collectivités locales concernées pour qu'elles élaborent, dans l'intérêt général de leurs territoires, une stratégie globale de développement du transport aérien au sein de la future région Bourgogne-Franche-Comté.