L'abattage des 49 platanes du canal du Midi atteints par la maladie du chancre coloré dans la commune de Carcassonne a été autorisé par décision ministérielle du 30 novembre 2011 dans le cadre d'un abattage plus large de 2 121 platanes, répartis sur 98 foyers et un linéaire de 14,9 kilomètres, sur le territoire de 25 communes. L'autorisation d'abattage a été subordonnée, sur le bief Saint-Roch, à Castelnaudary, où un abattage large de trois rangées d'alignement est prévu, à des replantations dès l'automne 2012. A Carcassonne, le remplacement des 49 platanes interviendra à plus long terme et se fera dans le cadre de l'application du cahier de référence pour une approche patrimoniale et paysagère du canal du Midi, Jonction et Robine qui a recueilli l'avis favorable de la commission supérieure des sites, perspectives et paysages en sa séance du 27 septembre 2012. La mise en oeuvre de la replantation ne peut, en effet, être immédiate sur tous les secteurs du canal du Midi et suppose une réflexion préalable, notamment sur le choix des essences et la mise en place de moyens. Il est ainsi prévu de mettre en oeuvre pendant une dizaine d'années une expérimentation grandeur nature par culture d'essai. Un processus de suivi adapté au caractère « hors normes » de l'opération va être mis en place, avec la constitution par Voies navigables de France (VNF) d'une équipe pour assurer le pilotage du projet et un accompagnement externe, auquel prendront part un membre du conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) et un des paysagistes ayant élaboré le cahier de référence. Les pôles interrégionaux et départementaux ainsi que les commissions des sites continueront également à jouer pleinement leur rôle dans ce processus de suivi. Les travaux d'envergure que vont entraîner le remplacement des 42 000 platanes atteints du chancre coloré sur les dix à vingt ans à venir demandent un accompagnement financier collectif. L'estimation du coût financier donnée par VNF en juillet 2012 est de 220 millions d'euros, incluant l'abattage, la replantation, les coûts de réfection des berges, l'entretien des plantations sur vingt ans et les actions de prévention du développement du chancre. Ce coût nécessite la recherche de financements spécifiques, auprès de l'État, des collectivités locales, de l'Europe (FEDER), mais aussi au titre du mécénat. A ce jour, il est prévu une répartition des financements respectivement entre l'État, les collectivités territoriales et l'appel au mécénat. S'agissant de la gouvernance du projet, la création d'un groupement d'intérêt public (GIP) est envisagée, auquel serait déléguée la maîtrise d'ouvrage, cette organisation présentant l'avantage de rassembler l'ensemble des parties intéressées : État, VNF, collectivités territoriales, associations des communes du canal des deux mers et agences de l'eau notamment. Les marges de manoeuvre offertes lors de la rédaction de la convention constitutive du GIP, l'absence d'obligation d'un capital de départ, la possibilité d'une durée d'existence limitée, la souplesse de mise en place, les sérieuses garanties de contrôle par l'État en termes financier comme de gouvernance sont particulièrement favorables à l'opération projetée.