Un jour de carence pour les congés maladie « ordinaire » a été instauré en 2012 dans la fonction publique, puis abrogé par la loi de finances pour 2014. Les données de référence relatives aux absences pour raisons de santé dans la fonction publique territoriale n’ont pas montré de recul significatif des arrêts de courte durée entre 2011 et 2012. En effet, selon le rapport annuel sur l’état de la fonction publique, la proportion des agents absents au moins un jour au cours de la semaine de référence est restée stable à 4,5 % dans la fonction publique territoriale. Selon la synthèse des bilans sociaux des collectivités locales réalisée par la direction générale des collectivités locales, en 2011, c’est-à-dire avant l’introduction d’un jour de carence dans la fonction publique territoriale, on dénombrait en moyenne 21,8 journées d’absence par agent permanent, pour raisons de santé. Les motifs d’absence pour raisons de santé comprennent la maladie ordinaire, la longue maladie, les accidents du travail et la maladie professionnelle. Selon des résultats partiels obtenus sur un échantillon de 3 000 collectivités représentatives, le nombre moyen de jours d’absence pour raisons de santé s’établirait à 22,4 jours en 2013, alors que le dispositif du jour de carence était en vigueur. En 2014, année de l’abrogation du jour de carence, l’exploitation de l’enquête complémentaire aux bilans sociaux n’indique pas d’augmentation des absences pour raisons de santé : on observe une stabilité puisque le nombre de jours d’absences pour raisons de santé s’établirait à 22,1 jours par agent. Par ailleurs, les absences pour raisons de santé dans la fonction publique territoriale s’expliquent par le nombre important d’agents de catégorie C (plus des trois-quarts des effectifs) qui exercent des métiers à dominante technique, plus exposés aux risques. Elles s’expliquent également par la proportion assez importante d’agents de 50 ans et plus : 35 % contre 29 % dans la fonction publique de l’Etat et 28 % dans la fonction publique hospitalière. En outre, présentée comme un élément d’« équité » entre le secteur public et le secteur privé, l’application du jour de carence a, en réalité, mis en évidence le fait que les salariés du secteur privé bénéficiaient, dans une très large mesure, d’une neutralisation de ce dispositif. Selon un rapport de janvier 2015 de la direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques, deux tiers des salariés du secteur privé sont protégés contre la perte de revenu induite par le délai de carence, par le biais de la prévoyance d’entreprise. Les fonctionnaires étaient dans une situation injuste par rapport à la très grande majorité des salariés puisque le jour de carence privait de toute rémunération 100 % des agents publics pour le premier jour de leur arrêt maladie. La nécessaire recherche de l’équité entre fonctionnaires et salariés implique cependant que les arrêts maladie soient soumis, dans tous les cas, à un régime de contrôle identique et à un renforcement des mesures contre les arrêts abusifs. Le décret no 2014-1133 du 3 octobre 2014 relatif à la procédure de contrôle des arrêts maladie des fonctionnaires prévoit, sous certaines conditions, une réduction de la rémunération du fonctionnaire en cas de non-transmission, à l’administration dont il relève, d’un avis d’interruption de travail dans un délai de quarante-huit heures. Enfin, la prévention de l’absence pour raison de santé passe avant tout par le développement d’actions nouvelles en matière de santé et de sérénité au travail et de qualité de vie au travail.